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- PDB-5jy0: Crystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jy0 | ||||||
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Title | Crystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in complex with substrate | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / peptidase / bacterial enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / cell surface / proteolysis / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bezerra, G.A. / Cornaciu, I. / Hoffmann, G. / Djinovic-Carugo, K. / Marquez, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Bacterial protease uses distinct thermodynamic signatures for substrate recognition. Authors: Bezerra, G.A. / Ohara-Nemoto, Y. / Cornaciu, I. / Fedosyuk, S. / Hoffmann, G. / Round, A. / Marquez, J.A. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 279.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 234.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 457.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jwfC ![]() 5jwgC ![]() 5jwiC ![]() 5jxfC ![]() 5jxkC ![]() 5jxpC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 79749.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: F8WQK8, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases | ||
---|---|---|---|
#2: Protein/peptide | Mass: 345.392 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 15% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 10, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.966 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.599→106.775 Å / Num. obs: 32005 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 52.98 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/av σ(I): 5.75 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.42 Å2 / Biso mean: 51.9768 Å2 / Biso min: 18.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.599→43.584 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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