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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wkr
タイトルCrystal structure of the SepCysS-SepCysE complex from Methanocaldococcus jannaschii
要素
  • O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
  • Uncharacterized protein MJ1481
キーワードTRANSFERASE / aminoacyl tRNA synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase / Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase activity / translation
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein MJ1481, archaea / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2100) / O-phosphoseryl-tRNA:Cys-tRNA synthase, archaea / SepSecS/SepCysS family / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Uncharacterised protein MJ1481, archaea / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2100) / O-phosphoseryl-tRNA:Cys-tRNA synthase, archaea / SepSecS/SepCysS family / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein MJ1481 / O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Nakazawa, Y. / Asano, N. / Nakamura, A. / Yao, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Ancient translation factor is essential for tRNA-dependent cysteine biosynthesis in methanogenic archaea.
著者: Liu, Y. / Nakamura, A. / Nakazawa, Y. / Asano, N. / Ford, K.A. / Hohn, M.J. / Tanaka, I. / Yao, M. / Soll, D.
履歴
登録2013年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
B: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
C: Uncharacterized protein MJ1481
D: Uncharacterized protein MJ1481
E: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
F: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
G: Uncharacterized protein MJ1481
H: Uncharacterized protein MJ1481


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,0368
ポリマ－291,0368
非ポリマー00
水2,036113
1
A: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
B: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
C: Uncharacterized protein MJ1481
D: Uncharacterized protein MJ1481


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,5184
ポリマ－145,5184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14300 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area34220 Å2
手法PISA
2
E: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
F: O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
G: Uncharacterized protein MJ1481
H: Uncharacterized protein MJ1481


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,5184
ポリマ－145,5184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14240 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area34460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.880, 106.880, 495.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase / Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase / SepCysS


分子量: 47424.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1678 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59072, O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase
#2: タンパク質
Uncharacterized protein MJ1481 / SepCysE


分子量: 25334.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58876
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Ammonium citrate, PEG3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月14日
放射モノクロメーター: Si (11 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.498
反射解像度: 2.8→47.3 Å / Num. obs: 74017 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.11 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 9.28
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 3.16 % / Rmerge F obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. measured obs: 38762 / Num. possible: 6732 / Num. unique obs: 6424 / Rrim(I) all: 0.706 / Rsym value: 0.623 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.803→47.3 Å / FOM work R set: 0.8219 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 4303 5.81 %
Rwork0.2244 --
obs0.2297 74017 94.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.184 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 245.58 Å2 / Biso mean: 101.35 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4783 Å20 Å2-0 Å2
2---0.4783 Å20 Å2
3---0.9566 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13917 0 0 113 14030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53419058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352058
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2625441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8036-2.85190.33511990.32333285348485
2.8519-2.90380.32772400.31043518375890
2.9038-2.95960.30042130.30673562377591
2.9596-3.020.31521990.30313525372492
3.02-3.08560.29522210.2983564378591
3.0856-3.15730.30062210.29283541376291
3.1573-3.23620.33352130.27943574378791
3.2362-3.32370.27512060.26653522372891
3.3237-3.42140.27491990.26513530372991
3.4214-3.53170.27542240.2513523374790
3.5317-3.65780.27892170.24873494371190
3.6578-3.80410.26362140.23653516373090
3.8041-3.9770.25512180.22663399361787
3.977-4.18640.22772090.21693447365689
4.1864-4.44820.24592180.21373515373390
4.4482-4.79080.19912090.2013458366789
4.7908-5.27150.2312070.20393486369389
5.2715-6.03090.2312050.20633454365989
6.0309-7.58540.23132250.20333401362687
7.5854-34.90040.20462220.18423398362087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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