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万見
- PDB-2v51: Structure of MAL-RPEL1 complexed to actin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v51
タイトルStructure of MAL-RPEL1 complexed to actin
要素
  • ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
  • MKL/MYOCARDIN-LIKE PROTEIN 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/CONTRACTILE PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-CONTRACTILE PROTEIN COMPLEX / CONTRACTILE PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION / PHOSPHOPROTEIN / MUSCLE PROTEIN / METHYLATION / ATP-BINDING / CYTOSKELETON / MAL / RPEL / ACTIN / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of transcription cofactors / RHO GTPases Activate Formins / smooth muscle cell differentiation / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle ...SUMOylation of transcription cofactors / RHO GTPases Activate Formins / smooth muscle cell differentiation / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / negative regulation of apoptotic signaling pathway / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / forebrain development / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / neuron migration / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / neuron projection development / lamellipodium / actin binding / cell body / actin cytoskeleton organization / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myocardin-like / RPEL repeat / RPEL repeat / RPEL repeat profile. / Repeat in Drosophila CG10860, human KIAA0680 and C. elegans F26H9.2 / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain ...Myocardin-like / RPEL repeat / RPEL repeat / RPEL repeat profile. / Repeat in Drosophila CG10860, human KIAA0680 and C. elegans F26H9.2 / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / LATRUNCULIN B / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Actin, alpha skeletal muscle / Myocardin-related transcription factor A
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Mouilleron, S. / Guettler, S. / Langer, C.A. / Treisman, R. / McDonald, N.Q.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
著者: Mouilleron, S. / Guettler, S. / Langer, C.A. / Treisman, R. / McDonald, N.Q.
履歴
登録2008年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
D: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
E: MKL/MYOCARDIN-LIKE PROTEIN 1
F: MKL/MYOCARDIN-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,09116
ポリマ－91,7614
非ポリマー2,33012
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-40.2 kcal/mol
Surface area37790 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.092, 59.071, 166.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BDEF

#1: タンパク質 ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE / ALPHA-ACTIN-1


分子量: 42096.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 組織: SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質・ペプチド MKL/MYOCARDIN-LIKE PROTEIN 1 / MYOCARDIN-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR A / MEGAKARYOBLASTIC LEUKEMIA 1 PROTEIN HOMOLOG / BASIC SAP ...MYOCARDIN-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR A / MEGAKARYOBLASTIC LEUKEMIA 1 PROTEIN HOMOLOG / BASIC SAP COILED-COIL TRANSCRIPTION ACTIVATOR


分子量: 3783.469 Da / 分子数: 2 / Fragment: RPEL1 MOTIF, RESIDUES 16-41 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8K4J6

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非ポリマー , 6種, 225分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-LAB / LATRUNCULIN B / ラトルンクリンB


分子量: 395.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29NO5S / コメント: 毒素*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 35522 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 72.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.379 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1890 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.186 35471 86.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20.09 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5878 0 144 213 6235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0371.9918339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1725751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02924.118255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.382151015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8651536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7421.53791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39926115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56232353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9414.52224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 99
Rwork0.261 2127
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.705-0.23590.58271.1648-0.09281.54430.0649-0.111-0.0339-0.09480.008-0.0440.12130.0683-0.0729-0.029-0.03140.0579-0.20430.0112-0.15553.91994.958912.691
21.72770.2461-0.66131.2027-0.08381.77840.04520.08680.01850.08510.0118-0.0411-0.12780.1037-0.0569-0.02720.0268-0.0507-0.16460.0102-0.15063.9015.905370.4439
39.5374-6.81586.030810.3596-7.588910.38180.08950.321-0.375-0.0710.3845-0.24530.2870.0606-0.4740.25760.01090.00230.2571-0.00230.012-2.5999-2.880548.5357
47.6213.7706-6.408310.2878-5.51846.35610.0307-0.3050.30420.07750.2585-0.0392-0.12950.0517-0.28920.2671-0.0494-0.07170.23370.0116-0.024-2.762213.71134.6074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B5 - 371
2X-RAY DIFFRACTION1B1372
3X-RAY DIFFRACTION1B1374
4X-RAY DIFFRACTION2D5 - 371
5X-RAY DIFFRACTION2D1372
6X-RAY DIFFRACTION2D1374
7X-RAY DIFFRACTION3E70 - 97
8X-RAY DIFFRACTION4F70 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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