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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qri | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a single chain trimer composed of the MHC I heavy chain H-2Kb WT, beta-2microglobulin, and ovalbumin-derived peptide. | ||||||
要素 | H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain, Beta-2 microglobulin, ovalbumin-derived peptide | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / MHC-I / Ova / Single Chain MHC-I / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to bacterium / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Mitaksov, V.E. / Fremont, D.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structural engineering of pMHC reagents for T cell vaccines and diagnostics. 著者: Mitaksov, V. / Truscott, S.M. / Lybarger, L. / Connolly, J.M. / Hansen, T.H. / Fremont, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qri.cif.gz | 184.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qri.ent.gz | 144.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qri.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qri_validation.pdf.gz | 447.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qri_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qri_validation.xml.gz | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qri_validation.cif.gz | 55.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qri | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | There are two molecules of the biological assembly in the assymetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47066.371 Da / 分子数: 2 断片: Fusion protein of ovalbumin-derived peptide, linker, Beta-2 microglobulin, linker, and H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain extracellular domain 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K, B2m / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P01901, UniProt: Q91XJ8, UniProt: P01887*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 13% PEG 10000, 100 mM MES, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2004年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 74524 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1RJY 解像度: 2→20 Å /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.576 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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