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万見
- PDB-2qkb: Human RNase H catalytic domain mutant D210N in complex with 20-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qkb
タイトルHuman RNase H catalytic domain mutant D210N in complex with 20-mer RNA/DNA hybrid
要素
  • 5'-D(*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DT)-3'
  • 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3')
  • Ribonuclease H1
キーワードHYDROLASE/DNA/RNA / RNase H / RNA/DNA hybrid / HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / DNA replication, removal of RNA primer / RNA catabolic process / ribonuclease H / RNA nuclease activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H1, eukaryote / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain ...Ribonuclease H1, eukaryote / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease H1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nowotny, M. / Gaidamakov, S.A. / Ghirlando, R. / Cerritelli, S.M. / Crouch, R.J. / Yang, W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
著者: Nowotny, M. / Gaidamakov, S.A. / Ghirlando, R. / Cerritelli, S.M. / Crouch, R.J. / Yang, W.
履歴
登録2007年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_conn ...refine / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3')
D: 5'-D(*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DT)-3'
A: Ribonuclease H1
B: Ribonuclease H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4338
ポリマ－47,1174
非ポリマー3164
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.991, 109.991, 67.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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RNA鎖 / DNA鎖 / タンパク質 , 3種, 4分子 CDAB

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3')


分子量: 6382.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DT)-3'


分子量: 6149.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Ribonuclease H1 / E.C.3.1.26.4 / Hs-RNase HC / RNase H1 / Ribonuclease H type II


分子量: 17291.861 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal domain (residues 134-286) / Mutation: D210N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASEH1, RNH1 / プラスミド: pET15 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O60930, ribonuclease H

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非ポリマー , 3種, 62分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M LiSO4, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2LiSO411
3Tris11
4PEG 335012
5LiSO412
6Tris12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 18670 / Num. obs: 16949 / % possible obs: 90.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QK9

2qk9


解像度: 2.4→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The last round of refinement in CNS was carried out with the pucker restraints for the DNA strand removed
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1680 -Random
Rwork0.2076 ---
all-18670 --
obs-16949 90.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2356 812 18 58 3244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012894
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74222
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.2762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3752.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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