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万見
- PDB-1y96: crystal structure of the Gemin6/Gemin7 heterodimer from the human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y96
タイトルcrystal structure of the Gemin6/Gemin7 heterodimer from the human SMN complex
要素
  • Gem-associated protein 6
  • Gem-associated protein 7
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Sm fold / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body ...Sm-like protein family complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gem-associated protein 6 / SMN complex, gem-associated protein 7 / Gem-associated protein 6, C-terminal domain / Gem-associated protein 6, Sm-like domain / : / Gemin6 Sm-like domain / Gem-associated protein 7 (Gemin7) / Gemin6 C-terminal domain / AD domain profile. / SUZ-C domain ...Gem-associated protein 6 / SMN complex, gem-associated protein 7 / Gem-associated protein 6, C-terminal domain / Gem-associated protein 6, Sm-like domain / : / Gemin6 Sm-like domain / Gem-associated protein 7 (Gemin7) / Gemin6 C-terminal domain / AD domain profile. / SUZ-C domain / SUZ-C domain profile. / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gem-associated protein 6 / Gem-associated protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Ma, Y. / Dostie, J. / Dreyfuss, G. / Van Duyne, G.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The Gemin6-Gemin7 Heterodimer from the Survival of Motor Neurons Complex Has an Sm Protein-like Structure.
著者: Ma, Y. / Dostie, J. / Dreyfuss, G. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録2004年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gem-associated protein 6
B: Gem-associated protein 7
C: Gem-associated protein 6
D: Gem-associated protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8684
ポリマ－38,8684
非ポリマー00
水1,946108
1
A: Gem-associated protein 6
B: Gem-associated protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4342
ポリマ－19,4342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
2
C: Gem-associated protein 6
D: Gem-associated protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4342
ポリマ－19,4342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.011, 136.011, 81.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Gem-associated protein 6 / Gemin6 / SIP2


分子量: 9945.347 Da / 分子数: 2 / 断片: Gemin6(1-86) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN6 / プラスミド: pGV67 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8WXD5
#2: タンパク質 Gem-associated protein 7 / Gemin7 / SIP3


分子量: 9488.716 Da / 分子数: 2 / 断片: Gemin7(47-131) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN7 / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9H840
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: sodium acetate, MPD, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111.0781
シンクロトロンALS 8.2.221.0781
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年7月24日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年7月24日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.002→50 Å / Num. obs: 49487 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 5
反射 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.002→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.262 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25177 2516 5.1 %RANDOM
Rwork0.21697 ---
all0.219 46929 --
obs0.21869 49487 95.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2710 0 0 108 2818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.9373733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7935798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8255336
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.22727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21693
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8041.51684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60322711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49331078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3384.51022
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 116
Rwork0.279 2113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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