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- PDB-1oxx: Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC tran... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1oxx | ||||||
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Title | Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus | ||||||
![]() | ABC transporter, ATP binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ABC-ATPase / ATP-binding cassette / ATPase / GlcV / Sulfolobus solfataricus | ||||||
Function / homology | ![]() ABC-type ferric iron transporter activity / Translocases; Catalysing the translocation of carbohydrates and their derivatives; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / : / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Verdon, G. / Albers, S.-V. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J.M. / Thunnissen, A.M.W.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Formation of the productive ATP-Mg2+-bound dimer of GlcV, an ABC-ATPase from Sulfolobus solfataricus Authors: Verdon, G. / Albers, S.-V. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J.M. / Thunnissen, A.M.W.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 101.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 76.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 39181.375 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G144A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.25 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: PEG 3350, PEG 400, Tris, NaI, glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Verdon, G., (2002) Acta Crystallogr., D58, 362. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Sep 5, 2001 |
Radiation | Monochromator: Diamond (111), Ge(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→33.5 Å / Num. all: 62479 / Num. obs: 62479 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 31.2 |
Reflection | *PLUS Redundancy: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
Reflection shell | *PLUS Lowest resolution: 1.5 Å / % possible obs: 31.2 % / Rmerge(I) obs: 0.373 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.859 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→33.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.45→1.501 Å / Total num. of bins used: 15 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.5 Å / Lowest resolution: 33.5 Å / Rfactor Rfree: 0.212 / Rfactor Rwork: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 1.5 Å / Lowest resolution: 1.55 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.206 |