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- PDB-2pu4: AmpC beta-lacamase with bound covalent oxadiazole inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pu4
タイトルAmpC beta-lacamase with bound covalent oxadiazole inhibitor
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / AmpC beta-lactamase oxadiazole
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OX6 / Chem-OX7 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Babaoglu, K. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Comprehensive mechanistic analysis of hits from high-throughput and docking screens against beta-lactamase.
著者: Babaoglu, K. / Simeonov, A. / Irwin, J.J. / Nelson, M.E. / Feng, B. / Thomas, C.J. / Cancian, L. / Costi, M.P. / Maltby, D.A. / Jadhav, A. / Inglese, J. / Austin, C.P. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2007年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0078
ポリマ－79,1762
非ポリマー8316
水11,187621
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9073
ポリマ－39,5881
非ポリマー3192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0995
ポリマ－39,5881
非ポリマー5124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.389, 91.104, 82.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1229-

HOH

21B-1002-

HOH

詳細biological unit is the monomer

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ampC, ampA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 627分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-OX6 / TERT-BUTYL [(1R)-2-METHYL-1-(1,3,4-OXADIAZOL-2-YL)PROPYL]CARBAMATE


分子量: 241.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N3O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-OX7 / TERT-BUTYL [(1S)-2-METHYL-1-(1,3,4-OXADIAZOL-2-YL)PROPYL]CARBAMATE


分子量: 241.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 5.6 / 数: 182821 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.59 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 52485 / % possible obs: 92.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.315099.910.0732.5453.8
3.424.3110010.0831.9724
2.993.4299.910.121.5833.8
2.712.9998.910.1891.3133.7
2.522.7196.510.281.2723.7
2.372.529410.3421.2733.6
2.252.3792.410.3881.5063.3
2.152.2588.310.4081.2453.1
2.072.1580.410.4481.1822.9
22.077110.51.2722.5
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 52485 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.585 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.072.50.540011.272171
2.07-2.152.90.44844981.182180.4
2.15-2.253.10.40849551.245188.3
2.25-2.373.30.38851861.506192.4
2.37-2.523.60.34253131.273194
2.52-2.713.70.2854481.272196.5
2.71-2.993.70.18956321.313198.9
2.99-3.423.80.1256981.583199.9
3.42-4.3140.08357521.9721100
4.31-503.80.07360022.545199.9

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.88 Å
Translation2.5 Å45.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.87 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2642 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 52067 91.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.41 Å20 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5600 0 52 621 6273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9567936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4085714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80524.797246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53915912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3881522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.22629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23909
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.53676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07825772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79232529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7064.52164
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 122 -
Rwork0.236 2573 -
obs-2695 65.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59730.28240.32740.34340.17750.6456-0.039-0.05450.0222-0.0564-0.0282-0.01490.0383-0.04440.0672-0.00050.00530.0172-0.05290.0009-0.051134.6431-2.6715-8.9287
20.2376-0.1371-0.2580.47460.19490.82580.02110.0151-0.00750.0288-0.042-0.0252-0.0131-0.00630.0209-0.0074-0.0071-0.0093-0.03760.0057-0.047235.38932.9269-32.5586
30.03590.0050.00350.041-0.02010.0564-0.01580.00360.0016-0.0042-0.008-0.0122-0.0036-0.01570.02370.02980.00010.00360.01730.00270.021234.681514.467-20.2761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 361
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 361
3X-RAY DIFFRACTION3A803
4X-RAY DIFFRACTION3B701 - 804
5X-RAY DIFFRACTION3A902 - 1235
6X-RAY DIFFRACTION3B903 - 1189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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