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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pr4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Fab' from the HIV-1 Neutralizing Antibody 2F5 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / nmAb 2F5 / gp41 / HIV | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bryson, S. / Julien, J.-P. / Pai, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural details of HIV-1 recognition by the broadly neutralizing monoclonal antibody 2F5: epitope conformation, antigen-recognition loop mobility, and anion-binding site. 著者: Julien, J.P. / Bryson, S. / Nieva, J.L. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Light chain interacts with the Heavy chain to form Fab' fragment. |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 25001.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.5M Li2SO4, 15% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 26917 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å
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