PDB-2pr4: Crystal Structure of Fab' from the HIV-1 Neutralizing Antibody 2F5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pr4

タイトル

Crystal Structure of Fab' from the HIV-1 Neutralizing Antibody 2F5

要素

nmAb 2F5 Fab' Heavy Chain
nmAb 2F5 Fab' light Chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / nmAb 2F5 / gp41 / HIV

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Bryson, S. / Julien, J.-P. / Pai, E.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural details of HIV-1 recognition by the broadly neutralizing monoclonal antibody 2F5: epitope conformation, antigen-recognition loop mobility, and anion-binding site.
著者: Julien, J.P. / Bryson, S. / Nieva, J.L. / Pai, E.F.

履歴

登録	2007年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
置き換え	2025年4月16日	ID: 2F5A
改定 1.4	2025年4月16日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pr4.cif.gz	98.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pr4.ent.gz	74.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2pr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2pr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p8lC 2p8mC 2p8pC 3d0lC 3d0vC 3droC 3drqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yny-1 6dwi-4 3qpq-2 4xcy-3 3drt-d 6ev1-2 3whx-d 1dn0-1 5jqd-1 4at6-2 5jqd-2 5i8e-1 6amj-2 3qnx-d 4hfw-1 2ai0-1 3eo0-1 5bvj-3 5i8e-2 1rzi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: nmAb 2F5 Fab' Heavy Chain

H: nmAb 2F5 Fab' light Chain

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.600, 76.400, 94.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Light chain interacts with the Heavy chain to form Fab' fragment.

#1: 抗体	nmAb 2F5 Fab' Heavy Chain 分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	nmAb 2F5 Fab' light Chain 分子量: 25001.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.5M Li2SO4, 15% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年10月1日
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 26917 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.7 Å² / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.313 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
AMoRE		位相決定
CNS	0.4	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→20 Å / σ(I): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	1282	-
R_work	0.24	-	-
obs	-	26304	89.4 %

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.35 Å	0.29 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.24 Å	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3269	0	0	266	3535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	27
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	4.8

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.18 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	202	-
R_work	0.256	-	-
obs	-	-	94.2 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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