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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pe2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHOINOSITIDE-DEPENDENT PROTEIN KINASE 1 (PDK1) 3-{5-[2-Oxo-5-ureido-1,2-dihydro-indol-(3Z)-ylidenemethyl]-1H-pyrrol-3-yl}-N-(2-piperidin-1-yl-ethyl)-benzamide COMPLEX | ||||||
要素 | 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / SERINE KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / extrinsic apoptotic signaling pathway / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / activation of protein kinase B activity / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / calcium-mediated signaling / positive regulation of protein localization to plasma membrane / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of angiogenesis / Regulation of TP53 Degradation / cell migration / Downstream TCR signaling / insulin receptor signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / protein autophosphorylation / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 2.13 Å | ||||||
データ登録者 | Whitlow, M. / Adler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007 タイトル: Indolinone based phosphoinositide-dependent kinase-1 (PDK1) inhibitors. Part 2: Optimization of BX-517. 著者: Islam, I. / Brown, G. / Bryant, J. / Hrvatin, P. / Kochanny, M.J. / Phillips, G.B. / Yuan, S. / Adler, M. / Whitlow, M. / Lentz, D. / Polokoff, M.A. / Wu, J. / Shen, J. / Walters, J. / Ho, E. ...著者: Islam, I. / Brown, G. / Bryant, J. / Hrvatin, P. / Kochanny, M.J. / Phillips, G.B. / Yuan, S. / Adler, M. / Whitlow, M. / Lentz, D. / Polokoff, M.A. / Wu, J. / Shen, J. / Walters, J. / Ho, E. / Subramanyam, B. / Zhu, D. / Feldman, R.I. / Arnaiz, D.O. #1: ジャーナル: To be Published / 年: 2007 タイトル: Indolinone based Phhosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) inhibitors- Part 1: Design, Synthesis and Billogical Activity 著者: Islam, I. / Bryant, J. / Chou, Y.-L. / Kochanny, M.J. / Lee, W. / Phillips, G.B. / Yu, H. / Adler, M. / Whitlow, M. / Ho, E. / Lentz, D. / Polokoff, M.A. / Subramanyam, B. / Wu, J.M. / Zhu, D. ...著者: Islam, I. / Bryant, J. / Chou, Y.-L. / Kochanny, M.J. / Lee, W. / Phillips, G.B. / Yu, H. / Adler, M. / Whitlow, M. / Ho, E. / Lentz, D. / Polokoff, M.A. / Subramanyam, B. / Wu, J.M. / Zhu, D. / Feldman, R.I. / Arnaiz, D.O. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Novel Small Molecule Inhibitors of 3-Phosphoinositide-Dependent Kinase-1. 著者: Feldman, R.I. / Wu, J.M. / Polokoff, M.A. / Kochanny, M.J. / Dinter, H. / Zhu, D. / Biroc, S.L. / Alicke, B. / Bryant, J. / Yuan, S. / Buckman, B.O. / Lentz, D. / Ferrer, M. / Whitlow, M. / ...著者: Feldman, R.I. / Wu, J.M. / Polokoff, M.A. / Kochanny, M.J. / Dinter, H. / Zhu, D. / Biroc, S.L. / Alicke, B. / Bryant, J. / Yuan, S. / Buckman, B.O. / Lentz, D. / Ferrer, M. / Whitlow, M. / Adler, M. / Finster, S. / Chang, Z. / Arnaiz, D.O. #3: ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: High Resolution Crystal Structure of the Human Pdk1 Catalytic Domain Defines the Regulatory Phosphopeptide Docking Site. 著者: Biondi, R.M. / Komander, D. / Thomas, C.C. / Lizcano, J.M. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pe2.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pe2.ent.gz | 58.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pe2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pe2_validation.pdf.gz | 713.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pe2_full_validation.pdf.gz | 716.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pe2_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pe2_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pe2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pe2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33130.117 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDPK1, PDK1 / プラスミド: PDK1-CAT/PBB4.5 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): SF-21 CELLS 参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-464 / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: AMMONIUM SULFATE, TRIS, EDTA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 22919 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.0665 / Net I/σ(I): 9.95 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.26 Å / 冗長度: 3.16 % / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Rsym value: 0.3512 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 2.13→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 137258.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.76 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→19.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.13→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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