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万見
- PDB-6drm: OTU domain of Fam105A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6drm
タイトルOTU domain of Fam105A
要素Inactive ubiquitin thioesterase FAM105A
キーワードHYDROLASE / Fam105A / OTUpseu / deubiquitinase / OTU domain / pseudo-enzyme
機能・相同性Inactive ubiquitin thioesterase OTULINL / FAM105 / Peptidase family C101 / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / nuclear envelope / cytoplasm / Inactive ubiquitin thioesterase OTULINL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Ceccarelli, D.F. / Sicheri, F. / Cordes, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: FAM105A/OTULINL Is a Pseudodeubiquitinase of the OTU-Class that Localizes to the ER Membrane.
著者: Ceccarelli, D.F. / Ivantsiv, S. / Mullin, A.A. / Coyaud, E. / Manczyk, N. / Maisonneuve, P. / Kurinov, I. / Zhao, L. / Go, C. / Gingras, A.C. / Raught, B. / Cordes, S. / Sicheri, F.
履歴
登録2018年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.page_first ..._citation.journal_id_CSD / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inactive ubiquitin thioesterase FAM105A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7321
ポリマ－32,7321
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.170, 53.870, 41.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Inactive ubiquitin thioesterase FAM105A


分子量: 32731.766 Da / 分子数: 1 / 断片: OTU domain residues 87-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM105A / プラスミド: ProEx / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NUU6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 6% PEG8000, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→39.906 Å / Num. obs: 22648 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.709 % / Biso Wilson estimate: 47.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 17.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.06-2.113.5211.0321.1415840.6381.21796.5
2.11-2.173.7730.7231.7316100.7970.84297.4
2.17-2.233.7810.542.3415680.8770.62998.8
2.23-2.33.7550.3953.3415490.930.46298.7
2.3-2.383.7850.3084.1614610.9490.35998.8
2.38-2.463.7740.2275.4614770.970.26599.3
2.46-2.563.7850.1767.3613830.9810.20598.8
2.56-2.663.7690.1319.4313350.9890.15399.3
2.66-2.783.7640.09912.4813030.9930.11699.4
2.78-2.913.7620.07515.8812260.9960.08899.4
2.91-3.073.7570.05320.9911700.9980.06199.1
3.07-3.263.7250.0426.4811190.9980.04798.9
3.26-3.483.6910.03233.0710610.9990.03898.9
3.48-3.763.6750.02641.049760.9990.0399.6
3.76-4.123.5840.02343.379080.9990.02799.3
4.12-4.613.5550.02248.678210.9990.02699.6
4.61-5.323.5710.02348.787300.9990.02799.3
5.32-6.513.6450.0248.146090.9990.02499.5
6.51-9.213.6270.01752.354880.9990.0299.4
9.21-39.9063.2370.02552.262700.9970.03194.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
XDS20170923データ削減
XSCALE20170923データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KSJ

4ksj


解像度: 2.06→39.906 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 1110 4.9 %
Rwork0.2064 --
obs0.2075 22642 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.54 Å2 / Biso mean: 68.6007 Å2 / Biso min: 34.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→39.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2233 0 0 37 2270
Biso mean---54.83 -
残基数----270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.06-2.15380.36631310.33652596272797
2.1538-2.26730.29141490.28642650279999
2.2673-2.40930.28621310.24992679281099
2.4093-2.59530.26841250.24422710283599
2.5953-2.85640.24461250.23882711283699
2.8564-3.26960.26451310.24212699283099
3.2696-4.11870.24241590.20112724288399
4.1187-39.91310.17691590.16092763292299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.36060.74930.62854.2462-0.89684.8829-0.0126-0.87150.50390.38310.09030.6074-0.6545-0.4593-0.06710.56960.00560.10120.5708-0.01810.47-47.046-3.549811.2642
26.65092.1222-0.10143.5857-0.46022.67550.069-0.4149-0.10880.1622-0.0706-0.4249-0.0650.67740.0210.32650.0553-0.0610.5392-0.04190.3072-17.5091-2.80353.2753
32.50670.1479-0.29552.104-1.61164.08380.0897-0.342-0.0106-0.05220.0148-0.06060.01690.3722-0.10970.3522-0.03390.0050.5037-0.13580.3997-21.77172.2945-1.3281
46.9511-1.0191-3.224.07-1.81323.79560.12250.53810.1389-0.12720.30310.275-0.1051-0.4088-0.24510.417-0.0619-0.02680.5153-0.04260.5161-37.9321-1.8048-1.3408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 87 through 125 )A87 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 126 through 214 )A126 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 215 through 309 )A215 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 310 through 356 )A310 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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