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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2onx | ||||||
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タイトル | NNQQ peptide corresponding to residues 8-11 of yeast prion sup35 (alternate crystal form) | ||||||
![]() | peptide corresponding to residues 8-11 of yeast prion sup35 | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / steric zipper / beta sheets | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H. ...Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers. 著者: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 4.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | One sheet of the steric zipper can be generated by repeated application of the crystallographic unit cell translation along the "a" unit cell dimension. The second sheet of the steric zipper can be generated by application of the crystallographic operator -X,1/2+Y,1-Z, and repeated unit cell translations of this strand along the "a" unit cell dimension. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 502.478 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 8-11 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30-50 mg/mL peptide disolved in water and mixed with an equal volume of reservoir solution consisting of 100 mM trisodium citrate, 20% polyethylene glycol 4000 and 20% isopropanol, pH 5.6, ...詳細: 30-50 mg/mL peptide disolved in water and mixed with an equal volume of reservoir solution consisting of 100 mM trisodium citrate, 20% polyethylene glycol 4000 and 20% isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9466 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→90 Å / Num. obs: 259 / % possible obs: 63.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 10.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1yjp 解像度: 1.52→15.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.275 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.236 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→15.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.563 Å / Total num. of bins used: 20
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