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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2olx | ||||||
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タイトル | Structure of NNQQ Peptide from Yeast Prion SUP35 | ||||||
![]() | NNQQ peptide derived from Yeast Prion Sup35 | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / steric zipper / glutamine zipper / polar zipper / asparagine zipper | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nelson, R. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers. 著者: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 8.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 5.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 373.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 373.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | One sheet of the steric zipper can be generated by repeated application of the crystallographic unit cell translation along the b axis. The second sheet of the steric zipper can be generated by application of the crystallographic operator -X,1/2+Y,1/2-Z, and repeated unit cell translations of this strand along the b axis. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 502.478 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 8-11 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9466 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→90 Å / Num. all: 426 / Num. obs: 426 / % possible obs: 74.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 8.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: polyalanine ideal beta-strand 解像度: 1.42→15.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.75 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.984 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→15.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.42→1.456 Å / Total num. of bins used: 20
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