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- PDB-2nv5: Crystal structure of a C-terminal phosphatase domain of Rattus no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nv5
タイトルCrystal structure of a C-terminal phosphatase domain of Rattus norvegicus ortholog of human protein tyrosine phosphatase, receptor type, D (PTPRD)
要素protein-tyrosine-phosphatase
キーワードHYDROLASE / PHOSPHATASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / trans-synaptic signaling / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of dendritic spine development / presynaptic membrane assembly ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / trans-synaptic signaling / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of dendritic spine development / presynaptic membrane assembly / presynapse assembly / establishment of endothelial intestinal barrier / synaptic membrane adhesion / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of postsynaptic density assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of interferon-beta production / heparan sulfate proteoglycan binding / positive regulation of synapse assembly / Synaptic adhesion-like molecules / heterophilic cell-cell adhesion / spinal cord development / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of immune response / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cerebellum development / hippocampus development / postsynaptic density membrane / cerebral cortex development / synapse organization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron differentiation / synaptic vesicle membrane / heparin binding / negative regulation of neuron projection development / growth cone / presynaptic membrane / perikaryon / cellular response to hypoxia / signaling receptor binding / axon / glutamatergic synapse / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta, PTPase domain, repeat 1 / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Immunoglobulin domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Immunoglobulin I-set ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta, PTPase domain, repeat 1 / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Immunoglobulin domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Gilmore, J. / Bain, K.T. / Iizuka, M. / Xu, W. / Wasserman, S. / Smith, D. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2007
タイトル: Structural genomics of protein phosphatases.
著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K.
履歴
登録2006年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月20日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.62021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年10月2日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein-tyrosine-phosphatase
B: protein-tyrosine-phosphatase
C: protein-tyrosine-phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0373
ポリマ－103,0373
非ポリマー00
水11,313628
1
A: protein-tyrosine-phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3461
ポリマ－34,3461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: protein-tyrosine-phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3461
ポリマ－34,3461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: protein-tyrosine-phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3461
ポリマ－34,3461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.789, 140.789, 112.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 protein-tyrosine-phosphatase / PTPRD


分子量: 34345.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ptprd / プラスミド: modified pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: M0RB22, UniProt: Q64605*PLUS, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 30% PEG MME 2K, 100mM potassium thiocyanate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月2日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.89 Å / Num. all: 85072 / Num. obs: 83626 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured all: 149687 / Num. unique all: 11897 / Rsym value: 0.837 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.853 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 4119 4.9 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 83277 97.98 %-
all-84994 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6861 0 0 628 7489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9379595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8735854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.20523.577355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.443151171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4621554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.23028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24812
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0311.54383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62426921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4833069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7914.52670
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 310 -
Rwork0.236 5648 -
obs-5958 95.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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