PDB-2ntf: Crystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ntf

タイトル

Crystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with an N-Acyl-L-Homoserine Lactone Analog

要素

Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain
Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / antibody / Fab / hapten complex / quorum sensing / homoserine lactone

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Debler, E.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of a Quorum-quenching Antibody.
著者: Debler, E.W. / Kaufmann, G.F. / Kirchdoerfer, R.N. / Mee, J.M. / Janda, K.D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2006年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASES. THE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ntf.cif.gz	175.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ntf.ent.gz	140.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ntf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/2ntf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/2ntf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2op4C 1a6vS 1mfbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6glw-3 1nd0-3 1rih-d 4wht-7 4nki-d 5nhw-d 4xce-1 5vh3-1 5mp5-4 6me1-1 6axk-d 6cw3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

H: Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

A: Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

B: Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

ヘテロ分子

94.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

H: Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

B: Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.659, 118.659, 176.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	A
1	2	L
2	2	A
1	3	H
2	3	B
1	4	H
2	4	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	VAL	VAL	L	A	1 - 106	1 - 108
2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	A	C	1 - 106	1 - 108
1	2	GLY	GLY	ARG	ARG	L	A	107 - 211	110 - 211
2	2	GLY	GLY	ARG	ARG	A	C	107 - 211	110 - 211
1	3	GLN	GLN	SER	SER	H	B	1 - 112	1 - 121
2	3	GLN	GLN	SER	SER	B	D	1 - 112	1 - 121
1	4	ALA	ALA	ARG	ARG	H	B	113 - 228	122 - 222
2	4	ALA	ALA	ARG	ARG	B	D	113 - 228	122 - 222

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 biological molecules: LH, AB.

#1: 抗体	Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain 分子量: 22840.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 参照: UniProt: Q0VDX6
#2: 抗体	Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain 分子量: 24082.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 参照: UniProt: Q99LC4
#3: 化合物	ChemComp-OHM / 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE / N-(2-オキソピロリジン-3β-イル)-3-オキソドデカンアミド分子量: 296.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₈N₂O₃
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.83 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 8 詳細: 1.0M Na/K Tartrate, 0.2M NaCl, 0.1 Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月12日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 19140 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 77.3 Å² / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 3.18→3.25 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.508 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0011	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1A6V, 1MFB

1a6v

1mfb

解像度: 3.18→44.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 50.456 / SU ML: 0.378 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.535 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	992	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.213	18458	89.1 %	-
all	-	18770	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.18→44.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6610	0	42	0	6652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.939	9360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.894	3.005	10826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.267	5	862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.955	24.186	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.045	15	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.975	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	4521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.199	0.2	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	3960
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.305	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.414	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.331	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.927	1.5	5308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.135	1.5	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.107	2	7018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.662	3	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.296	4.5	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	L	1361	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	1309	tight positional	0.03	0.05
3	2	H	1610	tight positional	0.03	0.05
4	2	B	1225	tight positional	0.03	0.05
1	1	L	1361	tight thermal	0.12	0.5
2	1	A	1309	tight thermal	0.07	0.5
3	2	H	1610	tight thermal	0.06	0.5
4	2	B	1225	tight thermal	0.42	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.18→3.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	89	-
R_work	0.302	1425	-
obs	-	-	95.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2492	-0.5039	0.9508	4.6544	-0.0571	3.2205	-0.2536	0.0115	-0.272	0.2215	0.1501	0.2366	0.1503	0.2019	0.1035	-0.2131	0.0854	0.0086	-0.2821	-0.0296	-0.2734	-42.3084	-2.4754	1.2798
2	3.3383	-0.7884	0.9552	5.6764	-0.406	10.2891	-0.23	-0.1291	0.0452	0.0001	-0.3831	0.3713	0.5123	0.6716	0.6131	-0.2889	0.0472	0.346	-0.408	0.072	-0.2127	-38.877	-26.6089	21.1051
3	6.4504	-2.4546	2.5788	4.4486	-2.2649	5.8687	-0.4002	0.4276	0.3795	-0.0813	-0.1389	-0.7063	-0.019	0.7053	0.5391	-0.2531	0.0248	0.0211	-0.0729	0.0716	-0.0812	-21.4597	-1.1995	3.1956
4	3.8064	-0.2249	-1.1309	7.0955	0.7415	2.6045	-0.1678	-0.0819	0.3957	-0.1085	0.0509	0.1734	-0.2054	0.4388	0.117	-0.2647	-0.1575	-0.0752	-0.1008	0.0312	-0.2568	-42.0826	-0.1882	42.3406
5	4.7083	1.1739	-2.254	4.0324	-1.1543	9.4885	0.1247	-0.1746	-0.1051	-0.223	-0.5104	0.3894	-1.0668	0.5582	0.3858	-0.0579	-0.1536	-0.2214	-0.5037	-0.0683	-0.2794	-34.6291	22.8339	22.5612
6	6.6744	2.5381	-2.4864	4.5479	-1.7604	6.1034	-0.254	-0.5936	-0.7277	-0.0544	-0.237	-0.6343	-0.0495	0.7124	0.4911	-0.3274	0.026	0.0017	0.232	0.148	-0.1169	-21.5559	-4.7812	40.6113
7	6.1856	-2.4823	-1.04	6.7255	0.5749	6.0668	0.0027	-0.0158	0.7306	-0.4888	-0.0558	-0.0842	-0.9413	0.4347	0.0531	0.2046	-0.6548	-0.1447	-0.0173	0.0359	-0.2755	-22.3546	31.4628	27.9078
8	10.7138	3.1101	0.4585	5.1576	-1.5368	4.8476	-0.5056	-0.5563	-1.4214	0.0744	0.0774	0.2457	0.9737	0.177	0.4282	0.162	0.5334	0.4529	-0.1872	0.1144	-0.0368	-28.8365	-37.5185	15.636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	108 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	108 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	114 - 228
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	120 - 228

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