PDB-2mxe: Solution structure of the C-terminal domain of MvaT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mxe

タイトル

Solution structure of the C-terminal domain of MvaT

要素

MvaT

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR

機能・相同性

MvaT, DNA-binding domain / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / MvaT

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Ding, P. / Xia, B.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: A Novel AT-Rich DNA Recognition Mechanism for Bacterial Xenogeneic Silencer MvaT.
著者: Ding, P. / McFarland, K.A. / Jin, S. / Tong, G. / Duan, B. / Yang, A. / Hughes, T.R. / Liu, J. / Dove, S.L. / Navarre, W.W. / Xia, B.

履歴

登録	2014年12月25日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mxe.cif.gz	297.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mxe.ent.gz	248 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mxe_validation.pdf.gz	392.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mxe_full_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示
XML形式データ	2mxe_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	2mxe_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mxfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c2p-2 4qq6-d 6lji-2 1mhn-d 7c2p-3 6h3m-1 7c2p-4 5lxj-d 1hx2-d 2gb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25405

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MvaT

6.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	MvaT / Transcriptional regulator MvaT / P16 subunit 分子量: 6460.413 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 77-124) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: mvaT, PA4315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW86

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	6	1	3D (H)CCH-COSY
1	7	1	3D HNCO
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MvaT, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	MvaT-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
50 mM	sodium phosphate-2		1
50 mM	sodium chloride-3		1

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software	名称: Amber 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraints	NOE constraints total: 1820 / NOE intraresidue total count: 557 / NOE long range total count: 242 / NOE medium range total count: 177 / NOE sequential total count: 299 / Protein chi angle constraints total count: 7 / Protein other angle constraints total count: 8 / Protein phi angle constraints total count: 32 / Protein psi angle constraints total count: 32
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)