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- PDB-2jji: Endothiapepsin in complex with a gem-diol inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jji
タイトルEndothiapepsin in complex with a gem-diol inhibitor.
要素ENDOTHIAPEPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / ASPARTYL PROTEASE / ZYMOGEN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GEM-DIOL INHIBITOR PD-135.040 / Chem-0QS / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種CRYPHONECTRIA PARASITICA (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Coates, L. / Tuan, H.-F. / Tomanicek, S.J. / Kovalevsky, A. / Mustyakimov, M. / Erskine, P. / Cooper, J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: The Catalytic Mechanism of an Aspartic Proteinase Explored with Neutron and X-Ray Diffraction
著者: Coates, L. / Tuan, H.-F. / Tomanicek, S.J. / Kovalevsky, A. / Mustyakimov, M. / Erskine, P. / Cooper, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Preliminary Neutron and Ultrahigh-Resolution X-Ray Diffraction Studies of the Aspartic Proteinase Endothiapepsin Cocrystallized with a Gem-Diol Inhibitor.
著者: Tuan, H.-F. / Erskine, P. / Langan, P. / Cooper, J. / Coates, L.
履歴
登録2008年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Other
改定 1.32013年9月25日Group: Database references / Other
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_conn
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOTHIAPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6773
ポリマ－33,7961
非ポリマー8812
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.030, 75.720, 42.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOTHIAPEPSIN / ASPARTATE PROTEASE


分子量: 33795.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ENDOTHIA PARASITICA / 由来: (天然) CRYPHONECTRIA PARASITICA (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物 ChemComp-0QS / N~2~-[(2R)-2-benzyl-3-(tert-butylsulfonyl)propanoyl]-N-{(1R)-1-(cyclohexylmethyl)-3,3-difluoro-2,2-dihydroxy-4-[(2-morpholin-4-ylethyl)amino]-4-oxobutyl}-3-(1H-imidazol-3-ium-4-yl)-L-alaninamide / PD-135,040


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 784.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56F2N7O8S / 参照: GEM-DIOL INHIBITOR PD-135.040
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.84 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / タイプ: BRUKER / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→18.24 Å / Num. obs: 289999 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.56→1.65 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア名称: SHELXL-97 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→30 Å / Num. parameters: 10912 / Num. restraintsaints: 10312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1826 5.3 %RANDOM
all0.156 34727 --
obs0.157 -90.5 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 2276 / Occupancy sum non hydrogen: 2711
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 59 264 2711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.179
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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