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- PDB-2j12: Ad37 fibre head in complex with CAR D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j12
タイトルAd37 fibre head in complex with CAR D1
要素
  • COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
  • FIBER PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN/RECEPTOR / VIRAL PROTEIN-RECEPTOR COMPLEX / CAR / AD37 / HAD37 / COMPLEX / MEMBRANE / RECEPTOR / COXSACKIEVIRUS / PHOSPHORYLATION / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / HOST-VIRUS INTERACTION / CELL ADHESION / TRANSMEMBRANE / TIGHT JUNCTION / PALMITATE / ADENOVIRUS / LIPOPROTEIN / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / connexin binding ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / connexin binding / transepithelial transport / cell-cell junction organization / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / Cell surface interactions at the vascular wall / mitochondrion organization / adherens junction / PDZ domain binding / filopodium / beta-catenin binding / neuromuscular junction / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / cell junction / viral capsid / cell-cell junction / heart development / virus receptor activity / cell body / actin cytoskeleton organization / growth cone / basolateral plasma membrane / defense response to virus / neuron projection / cell adhesion / membrane raft / signaling receptor binding / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...: / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coxsackievirus and adenovirus receptor / Fiber / Fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus D37 (ヒトアデノウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seiradake, E. / Lortat-Jacob, H. / Billet, O. / Kremer, E.J. / Cusack, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural and Mutational Analysis of Human Ad37 and Canine Adenovirus 2 Fiber Heads in Complex with the D1 Domain of Coxsackie and Adenovirus Receptor.
著者: Seiradake, E. / Lortat-Jacob, H. / Billet, O. / Kremer, E.J. / Cusack, S.
履歴
登録2006年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年10月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / entity_src_gen / pdbx_database_related / reflns_shell
Item: _atom_site.occupancy / _audit_author.name ..._atom_site.occupancy / _audit_author.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_database_related.details / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBER PROTEIN
B: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0083
ポリマ－35,9682
非ポリマー401
水5,170287
1
A: FIBER PROTEIN
B: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子

A: FIBER PROTEIN
B: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子

A: FIBER PROTEIN
B: COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0249
ポリマ－107,9036
非ポリマー1203
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.780, 131.780, 131.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2082-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FIBER PROTEIN / ADENOVIRUS 37 FIBRE HEAD


分子量: 21716.535 Da / 分子数: 1 / 断片: FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus D37 (ヒトアデノウイルス)
株: TYPE 37 / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q64823, UniProt: Q80S15*PLUS
#2: タンパク質 COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR / COXSACKIEVIRUS B-ADENOVIRUS RECEPTOR / HCAR / CVB3-BINDING PROTEIN / HCVADR / COXSACKIEVIRUS AND ...COXSACKIEVIRUS B-ADENOVIRUS RECEPTOR / HCAR / CVB3-BINDING PROTEIN / HCVADR / COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR DOMAIN D1


分子量: 14251.245 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN D1, RESIDUES 15-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PAB3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 BLUE / 参照: UniProt: P78310
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 59884 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1UXA, 1KAC

1uxa

1kac


解像度: 1.5→93.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.737 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 3029 5.1 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.149 56854 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→93.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 0 1 287 2663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9643483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2745337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01125.943106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.04315464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.988154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3270.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9931.51623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.522580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38131068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3774.5883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.212 198
Rwork0.162 3675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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