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万見
- PDB-1p69: STRUCTURAL BASIS FOR VARIATION IN ADENOVIRUS AFFINITY FOR THE CEL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p69
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR VARIATION IN ADENOVIRUS AFFINITY FOR THE CELLULAR RECEPTOR CAR (P417S MUTANT)
要素
  • Coxsackievirus and adenovirus receptor
  • Fiber protein
キーワードViral protein/receptor / VIRUS / VIRAL PROTEIN / Viral protein-receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / connexin binding ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / connexin binding / transepithelial transport / cell-cell junction organization / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / Cell surface interactions at the vascular wall / mitochondrion organization / adherens junction / filopodium / PDZ domain binding / neuromuscular junction / beta-catenin binding / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / cell junction / viral capsid / heart development / cell body / growth cone / virus receptor activity / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / defense response to virus / cell adhesion / neuron projection / membrane raft / signaling receptor binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...: / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fiber protein / Coxsackievirus and adenovirus receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus A serotype 12 (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Howitt, J. / Bewley, M.C. / Graziano, V. / Flanagan, J.M. / Freimuth, P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for variation in adenovirus affinity for the cellular coxsackievirus and adenovirus receptor.
著者: Howitt, J. / Bewley, M.C. / Graziano, V. / Flanagan, J.M. / Freimuth, P.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Structural analysis of the mechanism of adenovirus binding to its human cellular receptor, CAR
著者: Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M.
#2: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1999
タイトル: Coxsackievirus and adenovirus receptor amino-terminal immunoglobulin V-related domain binds adenovirus type 2 and fiber knob from adenovirus type 12
著者: Freimuth, P. / Springer, K. / Berard, C. / Hainfield, J. / Bewley, M. / Flanagan, J.
履歴
登録2003年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年8月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.src_method / _struct_ref.db_code ..._entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Coxsackievirus and adenovirus receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5752
ポリマ－33,5752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.62, 168.62, 168.62
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Fiber protein / SPIKE / Protein IV


分子量: 19934.439 Da / 分子数: 1 / 変異: P417S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus A serotype 12 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus A / 遺伝子: L5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P36711
#2: タンパク質 Coxsackievirus and adenovirus receptor / hCAR / CVB3-binding protein / Coxsackievirus B-adenovirus receptor / HCVADR


分子量: 13640.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXADR, CAR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78310
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.33 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 15882 / Num. obs: 14992 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 1220 RANDOM
Rwork0.215 --
all-12241 -
obs-11021 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2359 0 0 0 2359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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