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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2irm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 interacting protein 1 from Anopheles gambiae | ||||||
要素 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 interacting protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TAK1-binding protein / TAB1 / mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 interacting protein 1 / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Jin, X. / Bonanno, J.B. / Pelletier, L. / Freeman, J.C. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Shapiro, L. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2007 タイトル: Structural genomics of protein phosphatases. 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2irm.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2irm.ent.gz | 57.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2irm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2irm_validation.pdf.gz | 429.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2irm_full_validation.pdf.gz | 442.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2irm_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2irm_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/2irm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/2irm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1rxdC 2fh7C 2g59C 2hcmC 2hhlC 2hxpC 2hy3C 2i0oC 2i1yC 2i44C 2iq1C 2isnC 2nv5C 2oycC 2p27C 2p4uC 2p69C 2p8eC 2pbnC 2q5eC 2qjcC 2r0bC 2j4oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39696.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) プラスミド: BS-pSGX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+RIL / 参照: UniProt: Q7QD46 |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 27302 / Num. obs: 14971 / % possible obs: 55 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1919 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 60 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2j4o, modified 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 40.14 / SU ML: 0.33 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 3.732 / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.178 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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