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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iq1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human PPM1K | ||||||
![]() | Protein phosphatase 2C kappa, PPM1K | ||||||
![]() | HYDROLASE / protein phosphatase 2C kappa / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)]-phosphatase / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / manganese ion binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)]-phosphatase / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / manganese ion binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Russell, M. / Bain, K.T. / Adams, J. / Pelletier, L. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural genomics of protein phosphatases 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rxdC ![]() 2fh7C ![]() 2g59C ![]() 2hcmC ![]() 2hhlC ![]() 2hxpC ![]() 2hy3C ![]() 2i0oC ![]() 2i1yC ![]() 2i44C ![]() 2irmC ![]() 2isnC ![]() 2nv5C ![]() 2oycC ![]() 2p27C ![]() 2p4uC ![]() 2p69C ![]() 2p8eC ![]() 2pbnC ![]() 2q5eC ![]() 2qjcC ![]() 2r0bC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30199.197 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 89-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 100mM Hepes pH 8, 18% PEG 10K, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→51.674 Å / Num. all: 15773 / Num. obs: 15758 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.848 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured all: 17878 / Num. unique all: 2247 / Rsym value: 0.848 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.645 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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