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- PDB-2i1y: Crystal structure of the phosphatase domain of human PTP IA-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i1y
タイトルCrystal structure of the phosphatase domain of human PTP IA-2
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase
キーワードHYDROLASE / Receptor-type protein tyrosine phosphatase precursor / phosphatase / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


dense core granule maturation / regulation of secretion / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / luteinization / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / insulin secretion / spectrin binding / transport vesicle membrane / transcription factor binding / ubiquitin-like protein ligase binding ...dense core granule maturation / regulation of secretion / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / luteinization / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / insulin secretion / spectrin binding / transport vesicle membrane / transcription factor binding / ubiquitin-like protein ligase binding / secretory granule / axon terminus / response to reactive oxygen species / perikaryon / endosome / neuronal cell body / synapse / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase receptor IA-2 ectodomain / RESP18 domain / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase-like N/N2 / Protein-tyrosine phosphatase receptor IA-2, ectodomain superfamily / Protein-tyrosine phosphatase receptor IA-2 / RESP18 domain / RESP18 / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain ...Protein-tyrosine phosphatase receptor IA-2 ectodomain / RESP18 domain / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase-like N/N2 / Protein-tyrosine phosphatase receptor IA-2, ectodomain superfamily / Protein-tyrosine phosphatase receptor IA-2 / RESP18 domain / RESP18 / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase-like N
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Faber-Barata, J. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Smith, D. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Powell, A. / Kearins, M.C. ...Faber-Barata, J. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Smith, D. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Powell, A. / Kearins, M.C. / Maletic, M. / Rooney, I. / Bain, K.T. / Freeman, M. / Russell, J.C. / Thompson, D.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2007
タイトル: Structural genomics of protein phosphatases
著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K.
履歴
登録2006年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月20日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7704
ポリマ－68,5862
非ポリマー1842
水5,513306
1
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3852
ポリマ－34,2931
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3852
ポリマ－34,2931
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.907, 74.229, 121.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRILEILEAA691 - 77113 - 93
21METMETILEILEBB687 - 7719 - 93
12PROPROLEULEUAA778 - 977100 - 299
22PROPROALAALABB778 - 976100 - 298

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase / R-PTP-N / PTP IA-2 / Islet cell antigen 512 / ICA 512 / Islet cell autoantigen 3


分子量: 34293.023 Da / 分子数: 2 / 断片: Tyrosine-protein phosphatase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRN, ICA3, ICA512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODON+ RIL / 参照: UniProt: Q16849, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG3350, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM AMMONIUM ACETATE, PH 6.0, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 / 波長: 0.93971 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.939711
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. all: 32726 / Num. obs: 32726 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Rsym value: 0.191 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.23→2.34 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FH7

2fh7


解像度: 2.23→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 8.039 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26698 1035 3.2 %RANDOM
Rwork0.19907 ---
obs0.20123 31493 99.64 %-
all-31493 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4623 0 12 306 4941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9476535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.1515594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19923.289225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.89215824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2011541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2430.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1650.31971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.53164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.5436
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.360
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.519
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.01522995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.52634738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.78832068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.48451789
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1615tight positional0.110.1
21575tight positional0.120.1
1615tight thermal0.852
21575tight thermal0.912
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 67 -
Rwork0.329 2177 -
obs--95.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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