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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i1y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the phosphatase domain of human PTP IA-2 | ||||||
要素 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Receptor-type protein tyrosine phosphatase precursor / phosphatase / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dense core granule maturation / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / regulation of secretion / luteinization / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / insulin secretion / spectrin binding / transport vesicle membrane / transcription factor binding / ubiquitin-like protein ligase binding ...dense core granule maturation / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / regulation of secretion / luteinization / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / insulin secretion / spectrin binding / transport vesicle membrane / transcription factor binding / ubiquitin-like protein ligase binding / axon terminus / secretory granule / response to reactive oxygen species / perikaryon / endosome / neuronal cell body / synapse / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Faber-Barata, J. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Smith, D. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Powell, A. / Kearins, M.C. ...Faber-Barata, J. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Smith, D. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Powell, A. / Kearins, M.C. / Maletic, M. / Rooney, I. / Bain, K.T. / Freeman, M. / Russell, J.C. / Thompson, D.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2007 タイトル: Structural genomics of protein phosphatases 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i1y.cif.gz | 136.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i1y.ent.gz | 106.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2i1y_validation.pdf.gz | 453.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2i1y_full_validation.pdf.gz | 458.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2i1y_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2i1y_validation.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/2i1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/2i1y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1rxdC 2fh7SC 2g59C 2hcmC 2hhlC 2hxpC 2hy3C 2i0oC 2i44C 2iq1C 2irmC 2isnC 2nv5C 2oycC 2p27C 2p4uC 2p69C 2p8eC 2pbnC 2q5eC 2qjcC 2r0bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34293.023 Da / 分子数: 2 / 断片: Tyrosine-protein phosphatase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRN, ICA3, ICA512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODON+ RIL / 参照: UniProt: Q16849, protein-tyrosine-phosphatase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG3350, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM AMMONIUM ACETATE, PH 6.0, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 / 波長: 0.93971 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.23→50 Å / Num. all: 32726 / Num. obs: 32726 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Rsym value: 0.191 / Net I/σ(I): 2.7 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.34 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2FH7 解像度: 2.23→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 8.039 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.077 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→19.73 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
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