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- PDB-2hkf: Crystal structure of the Complex Fab M75- Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hkf
タイトルCrystal structure of the Complex Fab M75- Peptide
要素
  • Carbonic anhydrase 9
  • Immunoglobulin Heavy chain Fab fragment
  • Immunoglobulin Light chain Fab fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kral, V. / Mader, P. / Stouracova, R. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Brynda, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Stabilization of antibody structure upon association to a human carbonic anhydrase IX epitope studied by X-ray crystallography, microcalorimetry, and molecular dynamics simulations.
著者: Kral, V. / Mader, P. / Collard, R. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Rezacova, P. / Kozisek, M. / Zavada, J. / Sedlacek, J. / Rulisek, L. / Brynda, J.
履歴
登録2006年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR IMMUNOGLOBULIN ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OR IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Immunoglobulin Light chain Fab fragment
H: Immunoglobulin Heavy chain Fab fragment
P: Carbonic anhydrase 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4743
ポリマ－48,4743
非ポリマー00
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.388, 43.145, 58.023
Angle α, β, γ (deg.)85.03, 88.47, 85.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin Light chain Fab fragment


分子量: 24144.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma cells
#2: 抗体 Immunoglobulin Heavy chain Fab fragment


分子量: 23403.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma cells
#3: タンパク質・ペプチド Carbonic anhydrase 9 / Carbonic anhydrase IX / Carbonate dehydratase IX / CA-IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / ...Carbonic anhydrase IX / Carbonate dehydratase IX / CA-IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / Renal cell carcinoma-associated antigen G250 / RCC-associated antigen G250 / pMW1


分子量: 925.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS (HUMAN).
参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Tris, PEG 2000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月2日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.868 Å / Num. all: 57489 / Num. obs: 24418 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3218 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→28.868 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.134 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24233 1243 5.1 %RANDOM
Rwork0.17563 ---
obs0.17899 23175 93.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.781 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.83 Å20.44 Å2
2---0.12 Å20.22 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3351 0 0 303 3654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9524703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3475432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29724.493138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.75115548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7651513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.651.52233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05823556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69931397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5924.51143
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.057 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 77 -
Rwork0.2 1562 -
obs--85.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9882-1.15980.43571.6316-0.33511.12990.01170.0111-0.1075-0.0153-0.0042-0.06890.0210.059-0.0075-0.1138-0.03310.0115-0.1110.0191-0.11944.09818.2051-13.283
21.58980.3713-1.87550.8807-0.86623.44970.00760.06750.01530.14960.04840.0578-0.0034-0.1113-0.0561-0.06110-0.005-0.08740.0205-0.08348.0019-13.140616.0383
31.3608-0.8463-0.03871.1313-0.09773.071-0.0641-0.11980.09710.0860.0058-0.0471-0.1207-0.06740.0583-0.10130.0066-0.0186-0.0771-0.0123-0.0718-7.191621.54560.6657
44.6016-2.8505-0.45374.15440.5273.3234-0.2538-0.16520.18060.26970.2441-0.3879-0.08860.22280.00970.0092-0.026-0.0322-0.065-0.0199-0.00913.246-0.036123.5292
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1121 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2LA113 - 219113 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3HB2 - 1182 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4HB119 - 218119 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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