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- PDB-2hjr: Crystal Structure of Cryptosporidium parvum malate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hjr
タイトルCrystal Structure of Cryptosporidium parvum malate dehydrogenase
要素Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / malate dehydrogenase / malaria / Cryptosporidium parvum / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / CITRIC ACID / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Dong, A. / Lew, J. / Hassani, A. / Ren, H. / Qiu, W. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Dong, A. / Lew, J. / Hassani, A. / Ren, H. / Qiu, W. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2006年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
E: Malate dehydrogenase
F: Malate dehydrogenase
G: Malate dehydrogenase
H: Malate dehydrogenase
I: Malate dehydrogenase
J: Malate dehydrogenase
K: Malate dehydrogenase
L: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,38136
ポリマ－421,36412
非ポリマー9,01724
水24,0861337
1
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
2
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PISA
3
E: Malate dehydrogenase
F: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25020 Å2
手法PISA
4
G: Malate dehydrogenase
H: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
5
I: Malate dehydrogenase
J: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
6
K: Malate dehydrogenase
L: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
7
E: Malate dehydrogenase
F: Malate dehydrogenase
G: Malate dehydrogenase
H: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,46012
ポリマ－140,4554
非ポリマー3,0068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20020 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area41070 Å2
手法PISA
8
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,46012
ポリマ－140,4554
非ポリマー3,0068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20010 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area40990 Å2
手法PISA
9
I: Malate dehydrogenase
J: Malate dehydrogenase
K: Malate dehydrogenase
L: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,46012
ポリマ－140,4554
非ポリマー3,0068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20040 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area41060 Å2
手法PISA
10
I: Malate dehydrogenase
L: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
11
F: Malate dehydrogenase
H: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
12
B: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
13
E: Malate dehydrogenase
G: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
14
J: Malate dehydrogenase
K: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
15
A: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7306
ポリマ－70,2272
非ポリマー1,5034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.887, 171.887, 135.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 13 - 324 / Label seq-ID: 13 - 324

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL
詳細Biological assembly is a dimer, can be made of monomers A and B

-
要素

#1: タンパク質
Malate dehydrogenase


分子量: 35113.645 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: adjacent gene encodes predicted lactate dehydrogenase
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CYZ3
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG4K, 0.2M NH4oAC, Nacitrate pH 5.6, 15% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 227472 / Num. obs: 227351 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 1.911 / Num. unique all: 22734 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GUY

1guy


解像度: 2.2→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.099 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24747 11391 5 %RANDOM
Rwork0.19799 ---
all0.20048 ---
obs0.20048 215627 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28040 0 588 1337 29965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02229018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5162.00439347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2953751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.96525.931032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.785155060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.4291572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.24682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0220920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.214747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.220219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.21868
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6281.519047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.085229960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.817311096
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8394.59387
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1244medium positional0.190.5
2B1244medium positional0.170.5
3C1244medium positional0.160.5
4D1244medium positional0.190.5
5E1244medium positional0.150.5
6F1244medium positional0.220.5
7G1244medium positional0.220.5
8H1244medium positional0.230.5
9I1244medium positional0.190.5
10J1244medium positional0.180.5
11K1244medium positional0.260.5
12L1244medium positional0.170.5
1A1071loose positional0.575
2B1071loose positional0.535
3C1071loose positional0.565
4D1071loose positional0.455
5E1071loose positional0.475
6F1071loose positional0.565
7G1071loose positional0.475
8H1071loose positional0.555
9I1071loose positional0.475
10J1071loose positional0.475
11K1071loose positional0.55
12L1071loose positional0.585
1A1244medium thermal0.752
2B1244medium thermal1.072
3C1244medium thermal1.062
4D1244medium thermal0.632
5E1244medium thermal0.972
6F1244medium thermal1.032
7G1244medium thermal0.92
8H1244medium thermal0.832
9I1244medium thermal0.842
10J1244medium thermal1.262
11K1244medium thermal0.962
12L1244medium thermal0.872
1A1071loose thermal1.5410
2B1071loose thermal1.9610
3C1071loose thermal2.0210
4D1071loose thermal1.5310
5E1071loose thermal1.8210
6F1071loose thermal1.9210
7G1071loose thermal1.9410
8H1071loose thermal1.7510
9I1071loose thermal1.6710
10J1071loose thermal2.110
11K1071loose thermal2.0210
12L1071loose thermal1.8210
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 861 -
Rwork0.258 15821 -
obs--99.87 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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