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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hda | ||||||
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タイトル | Yes SH3 domain | ||||||
![]() | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Yes | ||||||
![]() | TRANSFERASE / main beta | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of glucose transmembrane transport / protein modification process => GO:0036211 / regulation of vascular permeability / CD28 co-stimulation / EPH-Ephrin signaling / microtubule organizing center / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / postsynaptic specialization, intracellular component / CTLA4 inhibitory signaling ...regulation of glucose transmembrane transport / protein modification process => GO:0036211 / regulation of vascular permeability / CD28 co-stimulation / EPH-Ephrin signaling / microtubule organizing center / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / postsynaptic specialization, intracellular component / CTLA4 inhibitory signaling / leukocyte migration / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / EPHA-mediated growth cone collapse / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / PECAM1 interactions / Signaling by ERBB2 / FCGR activation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / T cell costimulation / EPHB-mediated forward signaling / phosphotyrosine residue binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / actin filament / Regulation of signaling by CBL / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by SCF-KIT / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / regulation of cell population proliferation / protein tyrosine kinase activity / transmembrane transporter binding / cell differentiation / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Camara-Artigas, A. / Luque, I. / Ruiz-Sanz, J. / Mateo, P.L. / Martin-Garcia, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic structure of the SH3 domain of the human c-Yes tyrosine kinase: Loop flexibility and amyloid aggregation. 著者: Martin-Garcia, J.M. / Luque, I. / Mateo, P.L. / Ruiz-Sanz, J. / Camara-Artigas, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fynS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||
3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7128.813 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P07947, non-specific protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 15K, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月30日 / 詳細: Montel optics |
放射 | モノクロメーター: Bruker Microfocus (Montel Optics) Microstar プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 5626 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.08 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0469 / Rsym value: 0.025 / Net I/σ(I): 28.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.95 Å / 冗長度: 4.19 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 5.19 / Num. unique all: 1058 / Rsym value: 0.1825 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FYN 解像度: 1.9→14.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 2.452 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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