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- PDB-1e8j: SOLUTION STRUCTURE OF DESULFOVIBRIO GIGAS ZINC RUBREDOXIN, NMR, 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e8j
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF DESULFOVIBRIO GIGAS ZINC RUBREDOXIN, NMR, 20 STRUCTURES
要素RUBREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / ZINC-SUBSTITUTION / THERMOSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING
データ登録者Lamosa, P. / Brennan, L. / Vis, H. / Turner, D.L. / Santos, H.
引用
ジャーナル: Extremophiles / 年: 2001
タイトル: NMR structure of Desulfovibrio gigas rubredoxin: a model for studying protein stabilization by compatible solutes.
著者: Lamosa, P. / Brennan, L. / Vis, H. / Turner, D.L. / Santos, H.
#1: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2000
タイトル: Thermostabilization of Proteins by Diglycerol Phosphate, a New Compatible Solute from the Hyperthermophile Archaeoglobus Fulgidus
著者: Lamosa, P. / Burke, A. / Peist, R. / Huber, R. / Liu, M.-Y. / Silva, G. / Rodrigues-Pousada, C. / Legall, J. / Maycock, C. / Santos, H.
履歴
登録2000年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status
Item: _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUBREDOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6821
ポリマ－5,6821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 RUBREDOXIN


分子量: 5682.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IRON-SULFUR-PROTEIN, ZINC SUBSTITUTED
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PRPPL1 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): RDDG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00270

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D-1H-NOESY 2D-1H-TOCSY 2D-1H-COSY

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試料調製

試料状態pH: 7.6 / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
INDYANAD.L.TURNER,L.BRENNAN,H. MEYER,C.LOHAUS, C.SIETHOFF,H.S.COSTA,B.GONZALEZ,H.SANTOS, J.E.SUAREZ精密化
INDYANA構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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