PDB-2h72: Crystal Structure of Thioredoxin mutant E85D in Hexagonal (p61) S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h72

タイトル

Crystal Structure of Thioredoxin mutant E85D in Hexagonal (p61) Space Group

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Godoy-Ruiz, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin mutant E85D in Hexagonal (p61) Space Group
著者: Godoy-Ruiz, R. / Gavira, J.A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

履歴

登録	2006年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年5月2日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.7	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h72.cif.gz	55.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h72.ent.gz	40.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h72_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h72_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	2h72_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	2h72_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2trxS 1zzy 2fch 2fd3 2h6x 2h6y 2h70 2h71 2h73 2h74 2h75 2h76 2h7z S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hr3-1 2h6x-2 2eir-3 5hr3-2 6h1y-1 2eir-4 1keb-1 2h73-2 5hr1-2 1tho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

ヘテロ分子

23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.507, 103.507, 41.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 11673.361 Da / 分子数: 2 / 変異: E85D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA / プラスミド: pTK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: Q2M889, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 3.5 詳細: 60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM pH 7.0, 1 mM Ac2Cu, Counter-diffusion, temperature 277K, pH 3.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 1.07238
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07238 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 12290 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 47.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 25.82
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / % possible all: 95.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MOSFLM		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx

解像度: 2.25→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 23.497 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	586	4.832 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
all	0.227	-	-	-
obs	0.227	12128	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.981 Å²	-2.491 Å²	0 Å²
2-	-	-4.981 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1626	0	24	80	1730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.993	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.425	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.288	26.618	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.364	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.163	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.452	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.537	1.5	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.975	2	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.929	3	679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.616	4.5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.49	41	-
R_work	0.32	829	-
obs	-	-	98.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 72.911 Å / Origin y: 21.774 Å / Origin z: 2.773 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1334 Å²	-0.0198 Å²	0.1148 Å²	-	-0.1951 Å²	-0.0664 Å²	-	-	-0.2779 Å²
L	2.924 °²	-0.6143 °²	-0.2113 °²	-	7.9777 °²	-0.3495 °²	-	-	0.507 °²
S	0.1443 Å °	-0.0745 Å °	0.1864 Å °	0.487 Å °	-0.0526 Å °	0.6054 Å °	-0.1696 Å °	0.0803 Å °	-0.0918 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 108	2 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 107	1 - 107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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