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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h4v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Human Tyrosine Receptor Phosphatase Gamma | ||||||
![]() | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma | ||||||
![]() | HYDROLASE / TYROSINE RECEPTOR PHOSPHATASE / GAMMA / HUMAN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / dephosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of neuron projection development / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ugochukwu, E. / Barr, A. / Das, S. / Eswaran, J. / Savitsky, P. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Debreczeni, J. ...Ugochukwu, E. / Barr, A. / Das, S. / Eswaran, J. / Savitsky, P. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Debreczeni, J. / von Delft, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Large-scale structural analysis of the classical human protein tyrosine phosphatome. 著者: Barr, A.J. / Ugochukwu, E. / Lee, W.H. / King, O.N. / Filippakopoulos, P. / Alfano, I. / Savitsky, P. / Burgess-Brown, N.A. / Muller, S. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ahsC ![]() 2b49C ![]() 2cfvC ![]() 2cjzC ![]() 2gjtC ![]() 2i75C ![]() 2jjdC ![]() 2nlkC ![]() 2nz6C ![]() 2oc3C ![]() 2ooqC ![]() 2p6xC ![]() 2pa5C ![]() 2qepC ![]() 3b7oC ![]() 2fh7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37112.023 Da / 分子数: 2 / 断片: PTPRG (residues 831-1127) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 575分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-FLC / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Ammonium acetate, citrate, PEG4K, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97925 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→47.23 Å / Num. obs: 105096 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.63 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2FH7 解像度: 1.55→47.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.443 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.125 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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