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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g9y | ||||||
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タイトル | Structure of S102T E. coli alkaline phosphatase in presence of phosphate at 2.00 A resolution | ||||||
![]() | Alkaline phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / mutagenesis / side chain conformation / covalent intermediate / rate-determining step | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / magnesium ion binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, J. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Trapping the tetrahedral intermediate in the alkaline phosphatase reaction by substitution of the active site serine with threonine. 著者: Wang, J. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains the biologically active dimer |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 47108.422 Da / 分子数: 2 / 変異: S102T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 562分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 100mM Tris, 10mM magnesium chloride, 0.01mM zinc chloride, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→32.7 Å / Num. all: 82178 / Num. obs: 81030 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Num. unique all: 8137 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1Y6V 解像度: 2→32.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.7 Å
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拘束条件 |
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