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- PDB-2g9n: Structure of the DEAD domain of Human eukaryotic initiation facto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g9n
タイトルStructure of the DEAD domain of Human eukaryotic initiation factor 4A, eIF4A
要素Eukaryotic initiation factor 4A-I
キーワードHYDROLASE / DEAD-box / Helicase / DDX2A / RNA / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / RNA cap binding / nuclear stress granule / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / RNA cap binding / nuclear stress granule / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor activity / translational initiation / helicase activity / ISG15 antiviral mechanism / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic initiation factor 4A-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hogbom, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Hogbom, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hallberg, B.M. / Hammarstrom, M. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / Thorsell, A.G. / Uppenberg, J. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Holmberg-Schiavone, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Comparative Structural Analysis of Human DEAD-Box RNA Helicases.
著者: Schutz, P. / Karlberg, T. / van den Berg, S. / Collins, R. / Lehtio, L. / Hogbom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Tempel, W. / Park, H.W. / Hammarstrom, M. / Moche, M. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
履歴
登録2006年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic initiation factor 4A-I
B: Eukaryotic initiation factor 4A-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1752
ポリマ－50,1752
非ポリマー00
水4,071226
1
A: Eukaryotic initiation factor 4A-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0871
ポリマ－25,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Eukaryotic initiation factor 4A-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0871
ポリマ－25,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.799, 78.252, 59.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEILEILEAA30 - 13513 - 118
21ILEILEILEILEBB30 - 13513 - 118
32ALAALALEULEUAA151 - 235134 - 218
42ALAALALEULEUBB151 - 235134 - 218

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-I / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-1 / eIF4A-I / eIF-4A-I


分子量: 25087.316 Da / 分子数: 2 / 断片: DEAD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4A1, DDX2A, EIF4A / プラスミド: pNIC-28-Bsa1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60842, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 200 mM Ammonium Nitrate, 500 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月12日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 19100 / Num. obs: 19100 / % possible obs: 99.65 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.46 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 2912 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1QDE

1qde


解像度: 2.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 12.622 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 1026 5.1 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
all0.18026 19100 --
obs0.18026 19100 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0.56 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3431 0 0 226 3657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7322.0254558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.035379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06324.865148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30115536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6231520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22339
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3410.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9121.52224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38423318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43331415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8124.51240
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1514 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.560.5
medium thermal1.062
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 61 -
Rwork0.187 1422 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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