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- PDB-2efw: Crystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2efw
タイトルCrystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DT*DAP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DGP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
  • Replication termination protein
キーワードREPLICATION/DNA / protein-DNA complex / 'winged'-helix protein / DNA replication termination / replication fork arrest / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication termination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Replication terminator protein / Replication terminator protein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication termination protein / Replication termination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vivian, J.P. / Porter, C.J. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: An asymmetric structure of the Bacillus subtilis replication terminator protein in complex with DNA
著者: Vivian, J.P. / Porter, C.J. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2007年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*DCP*DT*DAP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DGP*DTP*DC)-3')
E: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
I: DNA (5'-D(*DCP*DT*DAP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DGP*DTP*DC)-3')
J: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
A: Replication termination protein
B: Replication termination protein
F: Replication termination protein
G: Replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8918
ポリマ－83,8918
非ポリマー00
水43224
1
D: DNA (5'-D(*DCP*DT*DAP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DGP*DTP*DC)-3')
E: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
A: Replication termination protein
B: Replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9464
ポリマ－41,9464
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: DNA (5'-D(*DCP*DT*DAP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DGP*DTP*DC)-3')
J: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
F: Replication termination protein
G: Replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9464
ポリマ－41,9464
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.012, 129.626, 125.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DT*DAP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DTP*DCP*DAP*DGP*DTP*DC)-3')


分子量: 6397.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the B site sequence of TerI
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DAP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')


分子量: 6486.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the B site sequence of TerI
#3: タンパク質
Replication termination protein / Replication terminator protein


分子量: 14531.099 Da / 分子数: 4 / Mutation: C110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rtp / プラスミド: pET-9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P68732, UniProt: P0CI76*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2% PEG 4000, 125mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2sodium acetate11
3HOH11
4PEG 400012
5sodium acetate12
6HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32161 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F4K (with residues 72 to 88 and the DNA removed)

1f4k


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 31.275 / SU ML: 0.321 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33221 1729 5.1 %RANDOM
Rwork0.29095 ---
obs0.29303 32161 96.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.25 Å20 Å20 Å2
2---3.33 Å20 Å2
3---7.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3787 1546 0 24 5357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5322.3457786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6655448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.02524.483174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.39115842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9291520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.21397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22730
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4081.52329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71223609
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.04134201
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6944.54177
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 121 -
Rwork0.355 2275 -
obs--93.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3382-1.38910.77111.5522-0.15810.52320.11090.13360.0345-0.1176-0.09390.090.0215-0.0718-0.017-0.04350.00430.0335-0.0017-0.0004-0.128918.768324.5397120.5285
20.8728-0.2623-0.29553.22380.42562.2399-0.01120.007-0.0679-0.0750.01370.2311-0.1615-0.1844-0.00250.22960.0321-0.0944-0.10220.0069-0.3417-22.409153.319235.7942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AE8 - 1228 - 122
2X-RAY DIFFRACTION1BF8 - 1228 - 122
3X-RAY DIFFRACTION1DA3 - 213 - 21
4X-RAY DIFFRACTION1EB1 - 191 - 19
5X-RAY DIFFRACTION2FG8 - 1228 - 122
6X-RAY DIFFRACTION2GH8 - 1228 - 122
7X-RAY DIFFRACTION2IC3 - 213 - 21
8X-RAY DIFFRACTION2JD1 - 191 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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