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- PDB-4ava: Crystal structure of protein lysine acetyltransferase Rv0998 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ava
タイトルCrystal structure of protein lysine acetyltransferase Rv0998 from Mycobacterium tuberculosis
要素LYSINE ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ALLOSTERIC REGULATION / DOMAIN COUPLING
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / acetyltransferase activity / cAMP binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. ...Acetyltransferase (GNAT) domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / GNAT domain / Jelly Rolls / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Acetyltransferase Pat
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Lee, H.J. / Lang, P.T. / Fortune, S.M. / Sassetti, C.M. / Alber, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Cyclic AMP Regulation of Protein Lysine Acetylation in Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Lee, H.J. / Lang, P.T. / Fortune, S.M. / Sassetti, C.M. / Alber, T.
履歴
登録2012年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,01510
ポリマ－35,6621
非ポリマー1,3539
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.418, 65.447, 77.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LYSINE ACETYLTRANSFERASE


分子量: 35661.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O05581

-
非ポリマー , 6種, 251分子

#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: DOUBLE CRYSTAL SI(111)
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45 Å / Num. obs: 34752 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.698→44.786 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 1742 5 %
Rwork0.1908 --
obs0.1927 34696 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.098 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9229 Å20 Å20 Å2
2---5.2068 Å20 Å2
3----6.7162 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→44.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2457 0 86 242 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4113559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.445971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6978-1.74780.38071170.35542708X-RAY DIFFRACTION98
1.7478-1.80420.34721380.29912754X-RAY DIFFRACTION100
1.8042-1.86870.30061540.2522756X-RAY DIFFRACTION100
1.8687-1.94350.29231380.2322752X-RAY DIFFRACTION100
1.9435-2.03190.24111450.20712752X-RAY DIFFRACTION100
2.0319-2.13910.21991630.19642750X-RAY DIFFRACTION100
2.1391-2.27310.22161600.18742774X-RAY DIFFRACTION100
2.2731-2.44860.231550.18592764X-RAY DIFFRACTION100
2.4486-2.6950.24811330.18142796X-RAY DIFFRACTION99
2.695-3.08480.22041730.18962768X-RAY DIFFRACTION99
3.0848-3.88620.19281280.17322698X-RAY DIFFRACTION95
3.8862-44.80130.22561380.17612682X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42570.8685-0.921.2174-1.02471.7358-0.0768-0.1869-0.2998-0.1264-0.1733-0.13880.48130.21740.20950.4169-0.02040.12580.23920.00280.310445.158517.040141.4351
22.2721-0.16390.33231.6527-0.41031.60020.05691.0048-0.1558-0.4206-0.06330.1770.0587-0.3497-0.0010.2731-0.0006-0.0170.5601-0.05590.257638.078732.394128.1079
31.37580.3245-0.99211.4767-1.1062.95470.0976-0.18590.16810.20190.0165-0.0319-0.2490.1178-0.08270.21180.00120.02710.2579-0.00180.265152.28231.945235.8106
42.22971.4393-0.44882.6373-0.17170.29260.0936-0.4571-0.08170.4121-0.1999-0.0450.23540.18840.07950.2941-0.02040.01770.27080.01190.216955.892248.682828.2398
51.93370.7375-0.34891.9434-0.04290.89960.0563-0.21010.03240.2572-0.0117-0.06240.21370.0512-0.04320.27-0.0133-0.01710.23470.01420.214753.615145.140231.1978
62.38970.4716-0.15052.5592-0.08972.378-0.0069-0.16370.18980.2137-0.03050.1597-0.407-0.04330.03090.24080.0266-0.00160.1775-0.01340.22153.611262.907827.6051
72.8120.9192-1.2032.9855-1.88454.7934-0.0772-0.0397-0.0595-0.49780.29150.56550.567-0.3799-0.29130.2253-0.0087-0.08320.29730.02560.314244.878648.08117.8891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:41)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 42:114)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 115:140)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 141:192)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 193:216)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 217:314)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 315:333)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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