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- PDB-2cmr: Crystal structure of the HIV-1 neutralizing antibody D5 Fab bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cmr
タイトルCrystal structure of the HIV-1 neutralizing antibody D5 Fab bound to the gp41 inner-core mimetic 5-helix
要素
  • (D5) x 2
  • TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN COMPLEX / NEUTRALIZATION / IMMUNOGLOBULIN / ENVELOPE PROTEIN / HIV / GP41 / AIDS / MHC I / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1860 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Immunoglobulins / Up-down Bundle ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1860 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane glycoprotein / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Luftig, M.A. / Mattu, M. / Di Giovine, P. / Geleziunas, R. / Hrin, R. / Barbato, G. / Bianchi, E. / Miller, M.D. / Pessi, A. / Carfi, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for HIV-1 Neutralization by a Gp41 Fusion Intermediate-Directed Antibody
著者: Luftig, M.A. / Mattu, M. / Di Giovine, P. / Geleziunas, R. / Hrin, R. / Barbato, G. / Bianchi, E. / Miller, M.D. / Pessi, A. / Carfi, A.
履歴
登録2006年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN
H: D5
L: D5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0174
ポリマ－70,9253
非ポリマー921
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)201.644, 41.618, 90.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRANSMEMBRANE GLYCOPROTEIN / GP41


分子量: 25479.453 Da / 分子数: 1 / 断片: 5-HELIX, RESIDUES 543-582 AND 625-662 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SEQUENCE DERIVED FROM GENBANK P04578 WHERE THREE REGIONS EACH EQUIVALENT TO AA 543-582 ARE INTERSPERSED BY TWO DIFFERENT REGIONS (EACH EQUIVALENT TO AA 625-662). LINKERS GGSGG AND GSSGG JOIN ...詳細: SEQUENCE DERIVED FROM GENBANK P04578 WHERE THREE REGIONS EACH EQUIVALENT TO AA 543-582 ARE INTERSPERSED BY TWO DIFFERENT REGIONS (EACH EQUIVALENT TO AA 625-662). LINKERS GGSGG AND GSSGG JOIN THE REGIONS AND ALTERNATE STARTING WITH GGSGG. A METHIONINE INITIATES AND A TAIL CONTAINS GGHHHHHHG
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04578, UniProt: D0VWW0*PLUS
#2: 抗体 D5 / FAB HEAVY CHAIN


分子量: 22756.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IGG DERIVED FROM HUMAN B CELL LIBRARY / プラスミド: PEU3.2, PEU1.2 / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 D5 / FAB LIGHT CHAIN


分子量: 22689.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IGG DERIVED FROM HUMAN B CELL LIBRARY / プラスミド: PEU3.2, PEU1.2 / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 18% (W/V) PEG 4000, 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, 0.1 M TRIS-HCL / PH = 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.5 Å / Num. obs: 41190 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AIK

1aik


解像度: 2→33.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 4.936 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2020 4.7 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 41190 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20.88 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4674 0 6 283 4963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214775
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9466483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83239906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5265596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.24765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22910
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8271.53000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5624826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42331775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0194.51657
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 116
Rwork0.265 2679

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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