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万見
- PDB-2cez: Phosphorylation of the Cytoplasmic Tail of Tissue Factor and its ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cez
タイトルPhosphorylation of the Cytoplasmic Tail of Tissue Factor and its Role in Modulating Structure and Binding Affinity
要素TISSUE FACTOR
キーワードBLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / TISSUE FACTOR / PIN1 / WW DOMAIN (WWドメイン) / BLOOD COAGULATION (凝固・線溶系) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / MEMBRANE (生体膜) / PALMITATE (パルミチン酸) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production / phospholipid binding / protein processing / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / extracellular space / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sen, M. / Agrawal, S. / Craft, J.W. / Ruf, W. / Legge, G.B.
引用ジャーナル: Open Spectrosc J / 年: 2009
タイトル: Spectroscopic Characterization of Successive Phosphorylation of the Tissue Factor Cytoplasmic Region.
著者: Sen, M. / Herzik, M. / Craft, J.W. / Creath, A.L. / Agrawal, S. / Ruf, W. / Legge, G.B.
履歴
登録2006年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TISSUE FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1431
ポリマ－2,1431
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50LOWEST POTENTIAL ENERGY ENSEMBLES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TISSUE FACTOR / / TFSP 253 / TF / COAGULATION FACTOR III / THROMBOPLASTIN / CD142 ANTIGEN


分子量: 2143.297 Da / 分子数: 1 / 断片: TISSUE FACTOR CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 277-295 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE IS PHOSPHORYLATED AT THE POSITION OF SER253
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P13726
構成要素の詳細INITIATES BLOOD COAGULATION BY FORMING A COMPLEX WITH CIRCULATING FACTOR VII OR VIIA
配列の詳細CYTOPLASMIC DOMAIN OF TISSUE FACTOR, WHICH IS PHOSPHORYLATED AT SER253

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111ROESY
121NOESY
131TOCSY
141IP-COSY
NMR実験の詳細Text: THE SINGLE 253 PHOSPHORYLATED TFCD PEPTIDE NMR STRUCTURES WERE CALCULATED USING 2D HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY METHODS.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER 10% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.0 / 圧: 1.0 atm / 温度: 285.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker OTHERBrukerOTHER8001
Bruker6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber8PONDER,J.W.精密化
NMRPipe構造決定
NMRView構造決定
DYANA構造決定
Amber8構造決定
MOLMOL構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: INITIAL NMR STRUCTURES WERE CALCULATED BY DYANA, WHICH INCLUDES MODIFIED SEP RESIDUE, PHOSPHORYLATED SER, CRAFT AND LEGGE, 2005, J.BIOL MOL.NMR. TOP10 ANNEALLED STRUCTURES THEN FURTHER MINIMIZED VIA AMBER 8.0.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST POTENTIAL ENERGY ENSEMBLES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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