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- PDB-1o5d: Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5d
タイトルDissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA)
要素
  • (Coagulation factor VII) x 2
  • Tissue factor
キーワードBLOOD CLOTTING / hydrolase / Ala190 uPA / S1 site / selectivity / conserved water displacement hydrogen bond deficit / trypsin / thrombin / hepsin / factor VIIa
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / cytokine receptor activity / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of interleukin-8 production / cytokine-mediated signaling pathway / protein processing / phospholipid binding / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / response to estradiol / protease binding / : / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CR9 / Coagulation factor VII / Tissue factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Katz, B.A. / Luong, C. / Ho, J.D. / Somoza, J.R. / Gjerstad, E. / Tang, J. / Williams, S.R. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Young, W.B. ...Katz, B.A. / Luong, C. / Ho, J.D. / Somoza, J.R. / Gjerstad, E. / Tang, J. / Williams, S.R. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Young, W.B. / Sprengeler, P.A. / Chan, H. / Mortara, K. / Janc, J.W. / McGrath, M.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Dissecting and designing inhibitor selectivity determinants at the S1 site using an artificial Ala190 protease (Ala190 uPA).
著者: Katz, B.A. / Luong, C. / Ho, J.D. / Somoza, J.R. / Gjerstad, E. / Tang, J. / Williams, S.R. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Young, W.B. / Sprengeler, P.A. / Chan, H. / Mortara, K. / Janc, J.W. / McGrath, M.E.
履歴
登録2003年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Coagulation factor VII
H: Coagulation factor VII
T: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2724
ポリマ－69,8903
非ポリマー3821
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.54, 69.03, 79.12
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 89.99, 90.0
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor VII / E.C.3.4.21.21 / Serum prothrombin conversion accelerator / Eptacog alfa


分子量: 17046.975 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / プラスミド: pCI-neo(Promega) / 細胞株 (発現宿主): 293 / 器官 (発現宿主): embryonic kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#2: タンパク質 Coagulation factor VII / E.C.3.4.21.21 / Serum prothrombin conversion accelerator / Eptacog alfa


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain (catalytic domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / プラスミド: pCI-neo(Promega) / 細胞株 (発現宿主): 293 / 器官 (発現宿主): embryonic kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#3: タンパク質 Tissue factor / TF / Coagulation factor III / Thromboplastin / CD142 antigen


分子量: 24739.434 Da / 分子数: 1 / Mutation: residues 2-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: ESCHERICHIA COLI / 遺伝子: F3 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DES3 / 参照: UniProt: P13726
#4: 化合物 ChemComp-CR9 / 2-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-6-FLUORO-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL}-6-[(2-METHYLCYCLOHEXYL)OXY]BENZENOLATE / CRA_11092 / 2-[2-ヒドロキシ-3-[[(1S)-2β-メチルシクロヘキサン-1α-イル]オキシ]フェニル]-6-フルオロ-1H(以下略)


分子量: 382.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23FN4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M citrate, 16-18% PEG 5K MME, pH 7.2, vapor diffusion at 290 K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 52825 / Num. obs: 50184 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.14 Å / % possible obs: 49.5 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Num. unique all: 6460

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ALS Berkeley beamline 5.0.2データ収集
DENZO1.97.2データ削減
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
Quantaモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.05→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.4 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR force field
詳細: The Gla domain of the light chain (residue Ala L1 through Asp L46) is not visible (disordered). Some of the soluble tissue factor is not visible (disordered): Gly_T2 through Asn_T5;Gln T110 ...詳細: The Gla domain of the light chain (residue Ala L1 through Asp L46) is not visible (disordered). Some of the soluble tissue factor is not visible (disordered): Gly_T2 through Asn_T5;Gln T110 through Glu T128; Trp T158 through Phe T187; Pro T206 through Met T210. Many of the waters may correspond to sporadic density in the regions of diordered protein. Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Leu_L121, Lys_L137, Val_H138, Lys_H188, Ser_H190, Ser_T42 Discretely disordered waters are: HOH_94; A_HOH_578 is close to B_HOH578 which is close to A_HOH_581 which is close to B_HOH_581. HOH_858; HIS_H57 is doubly protonated. HIS_H91 is monoprotonated on the epsilon nitrogen No energy terms are included Og_Ser_H195, and O6' and HN3 of the inhibitor. These atoms form a short hydrogen-bonding network.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 4073 10 %
Rwork0.226 --
obs0.228 40130 77.32 %
all-51903 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7766 0 51 1776 9593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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