PDB-2cef: Phosphorylation of the Cytoplasmic Tail of Tissue Factor and its ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cef

タイトル

Phosphorylation of the Cytoplasmic Tail of Tissue Factor and its Role in Modulating Structure and Binding Affinity.

要素

TISSUE FACTOR

キーワード

BLOOD CLOTTING / COAGULATION PROTEIN / PIN1 / WW DOMAIN / BLOOD COAGULATION PROTEIN / LIPOPROTEIN / PALMITATE / TRANSMEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of TOR signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

溶液NMR / DYANA AMBER 8.0

データ登録者

Sen, M. / Agrawal, S. / Craft, J.W. / Ruf, W. / Legge, G.B.

引用

ジャーナル: Open Spectrosc.J. / 年: 2009
タイトル: Spectroscopic Characterization of Successive Phosphorylation of the Tissue Factor Cytoplasmic Region.
著者: Sen, M. / Herzik, M. / Craft, J.W. / Creath, A.L. / Agrawal, S. / Ruf, W. / Legge, G.B.

履歴

登録	2006年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月5日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.0	2019年10月2日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cef.cif.gz	55.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cef.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2cef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2cef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cehC 2cezC 2cfjC 1ahw 1boy 1dan 1fak 1j9c 1jps 1nl8 1o5d 1tfh 1uj3 1w0y 1w2k 1wqv 1wss 1wtg 1wun 1wv7 1z6j 2c4f 2hft C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6993

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (9) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TISSUE FACTOR

2.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	LOWEST POTENTIAL ENERGY ENSEMBLES
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	TISSUE FACTOR / TFCD / TF / COAGULATION FACTOR III / THROMBOPLASTIN / CD142 ANTIGEN / TFPP 分子量: 2223.276 Da / 分子数: 1 / 断片: TISSUE FACTOR CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 277-295 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SER253 AND SER258 ARE PHOSPHORYLATED / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P13726
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS IS ONLY THE CYTOPLASMIC DOMAIN OF THE WHOLE TISSUE FACTOR

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	ROESY
1	2	1	NOESY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	IP-COSY

NMR実験の詳細

Text: THE NMR STRUCTURE OF THE PHOSPHORYLATED PEPTIDE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 2D NMR SPECTROSCOPY METHODS.

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER 10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 6 / 温度: 285.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

製造業者	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker	800	1
Bruker	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA AMBER	8	PONDER,J.W.	精密化
NMRPipe			構造決定
NMRView			構造決定
DYANA			構造決定
Amber	8		構造決定
MOLMOL			構造決定

精密化

手法: DYANA AMBER 8.0 / ソフトェア番号: 1
詳細: INITIAL NMR STRUCTURES WERE CALCULATED BY DYANA, WHICH INCLUDES MODIFIED SEP RESIDUE, PHOSPHORYLATED SER, (CRAFT AND LEGGE, 2005, J.BIOL MOL). NMR. TOP10 ANNEALLED STRUCTURES THEN FURTHER MINIMIZED VIA AMBER 8.0.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST POTENTIAL ENERGY ENSEMBLES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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