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万見
- PDB-2cb2: Sulfur Oxygenase Reductase from Acidianus Ambivalens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cb2
タイトルSulfur Oxygenase Reductase from Acidianus Ambivalens
要素SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SULFUR OXYGENASE REDUCTASE / MONONUCLEAR NON-HEME IRON / BIOGEOCHEMICAL SULFUR CYCLE / EXTREMOPHILE / THERMOPHILIC / ACIDOPHILIC / CYSTEINE PERSULPHIDE / ICOSATETRAMER / PROTO- ORGANELLE / NANO-STRUCTURE / COMPARTMENTALIZATION / 2-HIS-1- CARBOXYLATE FACIAL TRIAD / ARCHAEA / METAL-BINDING
機能・相同性sulfur oxygenase/reductase / sulfur oxygenase/reductase activity / Sulphur oxygenase reductase / Sulphur oxygenase reductase / Dimeric alpha-beta barrel / metal ion binding / cytoplasm / : / Sulfur oxygenase/reductase
機能・相同性情報
生物種ACIDIANUS AMBIVALENS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Urich, T. / Gomes, C.M. / Kletzin, A. / Frazao, C.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: X-Ray Structure of a Self-Compartmentalizing Sulfur Cycle Metalloenzyme
著者: Urich, T. / Gomes, C.M. / Kletzin, A. / Frazao, C.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005
タイトル: The Sulfur Oxygenase Reductase from Acidianus Ambivalens is an Icosatetramer as Shown by Crystallization and Patterson Analysis
著者: Urich, T. / Coelho, R. / Kletzin, A. / Frazao, C.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1992
タイトル: Molecular Characterization of the Sor Gene, which Encodes the Sulfur Oxygenase-Reductase of the Thermoacidophilic Archaeum Desulfurolobus Ambivalens
著者: Kletzin, A.
#3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Coupled Enzymatic Production of Sulfite, Thiosulfate, and Hydrogen Sulfide from Sulfur: Purification and Properties of a Sulfur Oxygenase Reductase from the Facultatively Anaerobic ...タイトル: Coupled Enzymatic Production of Sulfite, Thiosulfate, and Hydrogen Sulfide from Sulfur: Purification and Properties of a Sulfur Oxygenase Reductase from the Facultatively Anaerobic Archaebacterium Desulfurolobus Ambivalens
著者: Kletzin, A.
履歴
登録2005年12月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 650 HELIX THE FOLLOWING HELIX DEFINITIONS HAVE BEEN PROVIDED BY THE DEPOSITOR AND ARE APPLICABLE TO ... HELIX THE FOLLOWING HELIX DEFINITIONS HAVE BEEN PROVIDED BY THE DEPOSITOR AND ARE APPLICABLE TO CHAINS A-F. 17-34, 83-92, 94-106, 133-142, 146-148, 173-187, 214-221,231-233, 239-241, 257-269, 271-281, 302-306
Remark 700 SHEET THE FOLLOWING SHEET BOUNDARIES HAVE BEEN PROVIDED BY THE DEPOSITOR AND ARE APPLICABLE TO ... SHEET THE FOLLOWING SHEET BOUNDARIES HAVE BEEN PROVIDED BY THE DEPOSITOR AND ARE APPLICABLE TO CHAINS A-F. 5-14 40-51, 71-80, 108-123, 160-168, 193-204, 246-250, 284-299

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
B: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
C: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
D: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
E: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
F: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,89712
ポリマ－218,5626
非ポリマー3356
水8,593477
1
A: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
B: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
C: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
D: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
E: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
F: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
B: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
C: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
D: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
E: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
F: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
B: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
C: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
D: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
E: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
F: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
B: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
C: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
D: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
E: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
F: SULFUR OXYGENASE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)875,58948
ポリマ－874,24924
非ポリマー1,34024
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)162.150, 162.150, 154.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 308
2116B1 - 308
3116C1 - 308
4116D1 - 308
5116E1 - 308
6116F1 - 308

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.03667, -0.18329, 0.98237), (-0.18245, -0.96528, -0.18692), (0.98253, -0.18609, 0.00195)22.70297, 188.52853, 12.81951
2given(0.9659, -0.18227, -0.18387), (-0.18147, 0.02987, -0.98294), (0.18466, 0.98279, -0.00422)31.94385, 169.5654, -16.98899
3given(0.03532, 0.18611, 0.98189), (0.18187, 0.9649, -0.18943), (-0.98269, 0.18527, 0.00023)-12.92542, 2.67341, 142.23486
4given(-0.18433, 0.03404, 0.98227), (-0.9646, 0.18553, -0.18745), (-0.18862, -0.98205, -0.00136)7.15468, 158.73289, 172.33414
5given(0.92989, -0.3678, 0.00583), (-0.36779, -0.9299, -0.00325), (0.00662, 0.00088, -0.99998)35.30467, 186.32272, 154.73982

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要素

#1: タンパク質
SULFUR OXYGENASE REDUCTASE


分子量: 36427.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ACIDIANUS AMBIVALENS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P29082
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IN PRESENCE OF OXYGEN IS ABLE TO SIMULTANEOUSLY OXIDATE AND REDUCE THE SULFUR ORIGINATING SULFITE, ...IN PRESENCE OF OXYGEN IS ABLE TO SIMULTANEOUSLY OXIDATE AND REDUCE THE SULFUR ORIGINATING SULFITE, SULFIDE AND THIOSULFATE AS PRODUCTS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS WITH 2MICRO-L OF PROTEIN SOLUTION, 13MG/L 50MM TRIS/HCL PH 7.5, AND 2MICRO-L OF WELL SOLUTION, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5 WITH 0.3 M MGSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.9 Å / Num. obs: 218799 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
ARP/wARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.114 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE BIOLOGICALLY ACTIVE ICOSATETRAMER IS OBTAINED BY APPLYING THE CRYSTALOGRAPHIC 4-FOLD ROTATION OPERATION TO THE ASYMMETRIC UNIT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1288 0.6 %THIN LAYERS
Rwork0.183 ---
obs0.183 217462 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→111.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14802 0 6 477 15285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02215484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.94521006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925332509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.91451844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.22214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.023146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.215539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0970.28592
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2620.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1431.59258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.047215094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.40336226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3644.55912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4613 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.285
2Bloose positional0.335
3Cloose positional0.315
4Dloose positional0.355
5Eloose positional0.375
6Floose positional0.35
1Aloose thermal1.210
2Bloose thermal1.0210
3Cloose thermal1.1610
4Dloose thermal1.0810
5Eloose thermal1.2510
6Floose thermal1.310
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 105
Rwork0.318 15766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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