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万見
- PDB-2c5l: Structure of PLC epsilon Ras association domain with hRas -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c5l
タイトルStructure of PLC epsilon Ras association domain with hRas
要素
  • GTPASE HRAS
  • PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C PLC-EPSILON
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-COMPLEX / RAS / UBIQUITIN SUPERFOLD / ONCOGENE / GTP-BINDING / NUCLEOTIDE- BINDING / DISEASE MUTATION / LIPOPROTEIN / PALMITATE / PRENYLATION / PROTO-ONCOGENE
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / glomerulus development / phospholipase C activator activity / GTPase complex / positive regulation of ruffle assembly / oncogene-induced cell senescence ...diacylglycerol biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / glomerulus development / phospholipase C activator activity / GTPase complex / positive regulation of ruffle assembly / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / defense response to protozoan / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / positive regulation of protein targeting to membrane / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / adipose tissue development / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / lipid catabolic process / FRS-mediated FGFR3 signaling / positive regulation of lamellipodium assembly / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / release of sequestered calcium ion into cytosol / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / myelination / positive regulation of GTPase activity / NCAM signaling for neurite out-growth / positive regulation of MAP kinase activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / guanyl-nucleotide exchange factor activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / small monomeric GTPase / animal organ morphogenesis / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / calcium-mediated signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / cellular response to gamma radiation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / small GTPase binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of fibroblast proliferation / endocytosis
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / : / : / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / : / : / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / C2 domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / EF-hand domain pair / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTPase HRas / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Roe, S.M. / Bunney, T.D. / Katan, M. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural and Mechanistic Insights Into Ras Association Domains of Phospholipase C Epsilon
著者: Bunney, T.D. / Harris, R. / Gandarillas, N.L. / Josephs, M.B. / Roe, S.M. / Sorli, S.C. / Paterson, H.F. / Rodrigues-Lima, F. / Esposito, D. / Ponting, C.P. / Gieschik, P. / Pearl, L.H. / ...著者: Bunney, T.D. / Harris, R. / Gandarillas, N.L. / Josephs, M.B. / Roe, S.M. / Sorli, S.C. / Paterson, H.F. / Rodrigues-Lima, F. / Esposito, D. / Ponting, C.P. / Gieschik, P. / Pearl, L.H. / Driscoll, P.C. / Katan, M.
履歴
登録2005年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPASE HRAS
B: GTPASE HRAS
C: PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C PLC-EPSILON
D: PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C PLC-EPSILON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,53212
ポリマ－65,0694
非ポリマー1,4638
水8,575476
1
A: GTPASE HRAS
C: PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C PLC-EPSILON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3587
ポリマ－32,5352
非ポリマー8245
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: GTPASE HRAS
D: PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C PLC-EPSILON
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1745
ポリマ－32,5352
非ポリマー6403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.416, 93.618, 111.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 GTPASE HRAS / TRANSFORMING PROTEIN P21 / H-RAS-1 / C-H-RAS


分子量: 19376.686 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P01112, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C PLC-EPSILON


分子量: 13157.861 Da / 分子数: 2 / Fragment: RA2 DOMAIN, RESIDUES 2131-2246 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: Q9HBX6, UniProt: Q9P212*PLUS, phosphoinositide phospholipase C

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非ポリマー , 4種, 484分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細RAS PROTEINS BIND GDP/GTP AND POSSESS INTRINSIC GTPASE ACTIVITY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY ...RAS PROTEINS BIND GDP/GTP AND POSSESS INTRINSIC GTPASE ACTIVITY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 12 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 12 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 2176 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 2176 TO LEU
配列の詳細7 N-TERMINAL RESIDUES FROM TAG. N-TERMINAL G PART OF TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9151
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9151 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.87 Å / Num. obs: 18504 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.28 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.46
反射 シェル解像度: 2.8→2.82 Å / 冗長度: 4.32 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.562 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3050 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 57370 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9 Å20 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→111.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 90 476 4615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.9865823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0685531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.70924.831207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37415766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7611529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3480.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0081.52711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60824216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55431832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0324.51595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 243 -
Rwork0.261 4179 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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