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万見
- PDB-2c30: Crystal Structure Of The Human P21-Activated Kinase 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c30
タイトルCrystal Structure Of The Human P21-Activated Kinase 6
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 6
キーワードTRANSFERASE / CRIB DOMAIN / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection arborization / RHOD GTPase cycle / Activation of RAC1 / neuron projection extension / RHOV GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle ...neuron projection arborization / RHOD GTPase cycle / Activation of RAC1 / neuron projection extension / RHOV GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / learning / locomotory behavior / memory / fibrillar center / cell junction / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / cadherin binding / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase PAK 6 / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Serine/threonine-protein kinase PAK 6 / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase PAK 6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Berridge, G. / Bray, J. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Das, S. / Eswaran, J. / Gileadi, O. / Papagrigoriou, E. / Savitsky, P. ...Filippakopoulos, P. / Berridge, G. / Bray, J. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Das, S. / Eswaran, J. / Gileadi, O. / Papagrigoriou, E. / Savitsky, P. / Smee, C. / Turnbull, A. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of the P21-Activated Kinases Pak4, Pak5, and Pak6 Reveal Catalytic Domain Plasticity of Active Group II Paks.
著者: Eswaran, J. / Lee, W.H. / Debreczeni, J.E. / Filippakopoulos, P. / Turnbull, A. / Fedorov, O. / Deacon, S.W. / Peterson, J.R. / Knapp, S.
履歴
登録2005年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8103
ポリマ－36,6791
非ポリマー1302
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.781, 66.674, 96.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 6 / P21-ACTIVATED KINASE 6 / PAK-6 / PAK-5


分子量: 36679.270 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 383-681 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQU5, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
解説: ENSEMBLE OF MODELS WAS USED IN PHASER AS SEARCH MODEL.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.60M MGSO4 0.1M MES PH 6.5 SITTING DROPS, 150NL AND 50NL PROTEIN AND RESERVOIR MIX.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9764
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月3日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI (111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→55 Å / Num. obs: 177870 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2BVA, 1YHW, 1YHV, 1F3M

2bva

1yhw

1yhv

1f3m


解像度: 1.6→54.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.633 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. UNEXPLAINED SIGMAA DENSITY REMAINS UNMODELLED AFTER THE LAST MODELLED RESIDUE, AND AROUND SIDECHAIN A615.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1675 3.3 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 49551 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→54.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2288 0 6 350 2644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9873234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.04632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0965291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02923.81105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07415.034446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0831519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2720.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2211.51499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60122382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5313986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9054.5851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.325 112
Rwork0.278 3264
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6901-0.459-0.31761.03680.340.96010.04960.0531-0.0185-0.0556-0.00320.0643-0.0732-0.0264-0.0464-0.0628-0.00820.019-0.0232-0.0067-0.048550.30354.0933-2.3532
21.1612-0.1002-0.2141.1720.10530.9937-0.0092-0.0766-0.05060.07360.0034-0.00570.04840.05190.0058-0.089-0.0140.0087-0.0902-0.0164-0.105738.366855.156921.6948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A385 - 485
2X-RAY DIFFRACTION2A486 - 674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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