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- PDB-2cdz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN P21-ACTIVATED KINASE 4 IN COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cdz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN P21-ACTIVATED KINASE 4 IN COMPLEX WITH CGP74514A
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 4
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / STE20 / PAK4 / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / : / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / : / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / cellular response to starvation / adherens junction / regulation of cell growth / positive regulation of angiogenesis / cell migration / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-23D / Serine/threonine-protein kinase PAK 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Ugochukwu, E. / Eswaran, J. / Filippakopoulos, P. / Das, S. / Fedorov, O. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Debreczeni, J.E. / Ugochukwu, E. / Eswaran, J. / Filippakopoulos, P. / Das, S. / Fedorov, O. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Structure / : 2007
タイトル: Crystal Structures of the P21-Activated Kinases Pak4, Pak5, and Pak6 Reveal Catalytic Domain Plasticity of Active Group II Paks.
著者: Eswaran, J. / Lee, W.H. / Debreczeni, J.E. / Filippakopoulos, P. / Turnbull, A. / Fedorov, O. / Deacon, S.W. / Peterson, J.R. / Knapp, S.
履歴
登録2006年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8495
ポリマ-34,2361
非ポリマー6134
2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)145.817, 145.817, 42.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PAK 4 / HUMAN P21-ACTIVATED KINASE 4


分子量: 34235.691 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 291-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6B-C001 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O96013, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-23D / N2-[(1R,2S)-2-AMINOCYCLOHEXYL]-N6-(3-CHLOROPHENYL)-9-ETHYL-9H-PURINE-2,6-DIAMINE


分子量: 385.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C19H24ClN7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.542
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23590 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.76 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.67 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BVA
解像度: 2.3→103.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 11.088 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1060 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 19821 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3---3.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→103.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 38 117 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4323210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9413.0013894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3623.36798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22615.037401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7331520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.21696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21229
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.71331601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55852370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4837973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1711836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.382 105
Rwork0.234 1413
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.82550.68781.43031.32290.26393.6783-0.0438-0.1680.0994-0.0265-0.08790.0626-0.15620.09560.1317-0.1742-0.011-0.0113-0.0757-0.0126-0.009856.50931.26726.778
21.3654-0.17230.28514.1546-0.60321.60070.00320.1217-0.1093-0.0231-0.0035-0.10610.05750.01240.0004-0.08140.0146-0.0355-0.1243-0.0124-0.083842.26815.78113.805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A299 - 398
2X-RAY DIFFRACTION2A399 - 590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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