PDB-2f57: Crystal Structure Of The Human P21-Activated Kinase 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f57

タイトル

Crystal Structure Of The Human P21-Activated Kinase 5

要素

Serine/threonine-protein kinase PAK 7

キーワード

TRANSFERASE / Pak5 / Kinase domains / GroupII PAKs / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOD GTPase cycle / Activation of RAC1 / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / cellular response to starvation / learning / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Eswaran, J. / Turnbull, A. / Ugochukwu, E. / Papagrigoriou, E. / Bray, J. / Das, S. / Savitsky, P. / Smee, C. / Burgess, N. / Fedorov, O. ...

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of the p21-activated kinases PAK4, PAK5, and PAK6 reveal catalytic domain plasticity of active group II PAKs.
著者: Eswaran, J. / Lee, W.H. / Debreczeni, J.E. / Filippakopoulos, P. / Turnbull, A. / Fedorov, O. / Deacon, S.W. / Peterson, J.R. / Knapp, S.

履歴

登録	2005年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f57.cif.gz	148.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f57.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f57	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2bvaC 2c30SC 2cdzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2orp-d 2orr-d 4krm-6 2ors-d 1dd7-d 5mgy-8 5o7i-d 5bw0-3 6oag-d 5jv2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 7

B: Serine/threonine-protein kinase PAK 7

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 7

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase PAK 7

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.661, 56.599, 120.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 6

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASN	ASN	A	A	-6 - 715	16 - 313
2	LEU	LEU	B	B	-5 - 715	17 - 313

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 7 / p21-activated kinase 7 / PAK-7 / PAK-5 分子量: 36248.730 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 425-719 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLIC-SGC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9P286, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-23D / N2-[(1R,2S)-2-AMINOCYCLOHEXYL]-N6-(3-CHLOROPHENYL)-9-ETHYL-9H-PURINE-2,6-DIAMINE 分子量: 385.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄ClN₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M Na/KPO4, 0.1M BTProp 7.5, 20% PEG3350, 10% Ethelene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 60040 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 2C30

2c30

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.161 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18513	3031	5 %	RANDOM
R_work	0.15363	-	-	-
all	0.15525	56997	-	-
obs	0.15525	56997	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.528 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	-0.8 Å²
2-	-	0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4687	0	43	613	5343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	1.985	6639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3.001	8143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.257	5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.933	23.16	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.337	15.036	845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.633	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	3655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.129	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.265	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.488	3	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.755	3	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.31	5	4902
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.206	7	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.836	11	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3809 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	1.39	5
loose thermal	2.48	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	201	-
R_work	0.182	3880	-
obs	-	-	92.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4276	1.1072	-1.3016	3.4374	-3.0033	4.1965	0.1322	-0.0064	-0.1383	0.0416	0.0605	0.0054	0.0448	-0.2763	-0.1928	0.1788	0.0152	0.0228	0.4514	0.0598	0.1143	25.7178	19.039	50.5421
2	5.2914	0.9813	0.1215	3.8145	-1.1171	4.9262	-0.0595	-0.0811	-0.134	-0.1965	0.0204	0.3106	-0.0215	-0.1149	0.0391	0.2114	0.0976	-0.0442	0.3922	0.0235	0.1731	21.9373	18.6728	49.9759
3	4.504	-2.4848	1.718	5.0044	0.1872	3.581	-0.1761	-0.2251	0.258	0.0355	-0.0675	-0.0307	-0.0427	0.1191	0.2436	0.0879	0.0008	-0.0119	0.0508	-0.0107	0.0866	13.313	27.6278	32.1276
4	4.0767	-1.3662	2.0867	4.1148	-0.9936	4.5504	0.2315	0.0094	0.0319	-0.0973	-0.3004	0.0351	-0.0736	0.1937	0.0689	0.1411	0.058	-0.0216	0.3544	0.0021	0.09	30.1243	20.9191	51.0134
5	5.8504	-1.7541	-0.3304	5.418	-0.2434	8.1141	-0.0488	-0.159	0.302	-0.0212	0.1159	-0.2312	0.1811	0.0227	-0.067	0.1755	0.0136	-0.0501	0.1447	-0.0332	0.0638	10.9285	35.0082	38.8557
6	2.3017	-0.9104	0.1095	1.7088	0.306	1.5177	-0.0021	-0.0338	0.0799	-0.006	-0.0035	-0.006	0.0167	0.04	0.0056	0.0637	0.004	-0.0117	0.0662	0.005	0.0497	7.0847	29.4113	30.557
7	4.4889	-2.464	-0.6185	6.0486	2.1109	8.3651	0.1448	0.0129	0.1133	-0.1945	0.0032	-0.2368	-0.2589	-0.091	-0.148	0.0435	-0.0006	-0.0166	0.0627	0.0141	0.0981	-4.6305	35.5797	25.9114
8	2.2011	-0.0586	-0.233	1.9744	0.2771	2.0982	-0.0278	0.0415	0.0028	-0.0166	0.063	0.0069	0.0257	0.0171	-0.0352	0.036	0.012	-0.0067	0.0783	0.0117	0.0681	4.3825	29.2585	27.1776
9	1.7955	-1.4195	-1.046	2.7697	1.0578	1.8884	0.1277	-0.0491	0.0998	0.0756	-0.0143	0.0778	-0.23	-0.1274	-0.1134	0.0554	-0.0452	0.0502	0.0904	0.0047	0.0816	-5.0596	20.044	16.2584
10	1.4996	-1.0415	-0.4412	4.3611	2.2528	2.462	-0.0035	0.1098	-0.0608	0.0209	0.1028	-0.0844	0.0681	-0.0213	-0.0993	0.0913	-0.0157	-0.0042	0.0936	-0.0393	0.093	10.4506	17.5797	7.3498
11	0.6716	0.2633	1.6735	1.6896	2.8653	7.2465	-0.0839	0.0392	-0.0485	0.092	0.0431	-0.044	-0.018	-0.0269	0.0408	0.0194	-0.018	0.0057	0.0201	0.003	0.0575	16.5695	17.6886	21.2003
12	1.0692	0.2699	0.1521	0.3805	0.1416	0.3395	0.0387	-0.0066	-0.0018	0.0184	-0.0328	0.0063	0.0216	-0.0039	-0.0059	0.0105	-0.0018	0.0198	0.0175	-0.0037	0.0405	25.3562	22.3748	19.5527
13	1.7459	-0.1266	-0.1422	1.6493	0.0133	0.7374	0.037	-0.0012	0.0527	0.016	-0.0329	0.036	-0.0011	-0.0095	-0.004	-0.0046	-0.0006	0.0095	0.0277	-0.0009	0.0308	24.7229	23.1395	15.3966
14	1.2173	0.0002	-0.1342	2.363	-1.0938	2.0237	0.0252	0.038	0.014	0.0281	-0.0305	0.0002	0.0141	0.0557	0.0053	-0.0335	0.008	0.006	0.0291	0.0122	0.0352	34.4747	23.6552	13.0828
15	7.0291	5.0128	1.5489	9.0161	2.2053	6.016	0.2024	-0.3455	0.0259	0.1638	-0.2644	0.1071	0.0171	0.2325	0.062	0.0326	0.0451	0.0238	0.175	0.0781	0.1219	45.4955	21.787	13.0688
16	0.9291	0.1727	-0.254	1.1936	-0.0809	0.8961	0.0296	-0.0344	0.0208	0.0501	-0.0477	-0.0429	-0.0265	0.0639	0.0181	0.003	-0.0105	-0.0009	0.0621	-0.0021	0.0547	38.6973	26.8175	19.4546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-6 - 447	16 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	448 - 497	46 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	498 - 509	96 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	510 - 526	108 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	527 - 539	125 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	540 - 661	138 - 259
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	662 - 672	260 - 270
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	673 - 715	271 - 313
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	-5 - 441	17 - 39
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	442 - 481	40 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	482 - 501	80 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	502 - 561	100 - 159
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	562 - 594	160 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	595 - 652	193 - 250
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	653 - 662	251 - 260
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	663 - 718	261 - 316

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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