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万見
- PDB-2bva: Crystal structure of the human P21-activated kinase 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bva
タイトルCrystal structure of the human P21-activated kinase 4
要素P21-ACTIVATED KINASE 4
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / STE20 / PAK4 / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / : / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / : / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / cellular response to starvation / adherens junction / regulation of cell growth / positive regulation of angiogenesis / cell migration / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / Serine/threonine-protein kinase PAK 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Bunkoczi, G. / Eswaran, J. / Filippakopoulos, P. / Das, S. / Fedorov, O. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / von Delft, F. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of the P21-Activated Kinases Pak4, Pak5, and Pak6 Reveal Catalytic Domain Plasticity of Active Group II Paks.
著者: Eswaran, J. / Lee, W.H. / Debreczeni, J.E. / Filippakopoulos, P. / Turnbull, A. / Fedorov, O. / Deacon, S.W. / Peterson, J.R. / Knapp, S.
履歴
登録2005年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_seq_map_depositor_info / refine
Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P21-ACTIVATED KINASE 4
B: P21-ACTIVATED KINASE 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0232
ポリマ－66,0232
非ポリマー00
水64936
1
A: P21-ACTIVATED KINASE 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0111
ポリマ－33,0111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: P21-ACTIVATED KINASE 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0111
ポリマ－33,0111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.110, 118.110, 55.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.49972, -0.86616, -0.00676), (-0.86608, 0.49977, -0.01146), (0.0133, 0.00013, -0.99991)
ベクター: -0.37658, -0.01682, -18.42605)

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要素

#1: タンパク質 P21-ACTIVATED KINASE 4


分子量: 33011.371 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 300-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHORYLATION ON SER 474 A AND SER 474 B / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6B-C001 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R (PHAGE RESISTANT) / 参照: UniProt: Q8NCH5, UniProt: O96013*PLUS, EC: 2.7.1.37
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: SITTING DROPS, 1.5 M NACL, 10% ETHANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.968
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.4 Å / Num. obs: 38417 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.86
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U5R

1u5r


解像度: 2.3→20 Å / Num. parameters: 17176 / Num. restraintsaints: 22479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER BASED ON HIC-UP ENTRY
詳細: 1. HYDROGENS WERE ADDED ON RIDING POSITIONS 2. TWIN REFINEMENT: PERFECT MEROHEDRAL TWIN, APPARENT SPACEGROUP P3221, REAL SPACEGROUP P32, TWIN LAW: 010 100 00-1, BASF: 0.5006 3. NCS RESTRAINTS WERE USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 1721 4.5 %THIN SHELLS
all0.1917 38368 --
obs0.1878 -99.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 13065 / Occupancy sum non hydrogen: 12879
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4251 0 0 36 4287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.397
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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