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万見
- PDB-5ta6: Crystal structure of PLK1 in complex with a novel 5,6-dihydroimid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ta6
タイトルCrystal structure of PLK1 in complex with a novel 5,6-dihydroimidazolo[1,5-f]pteridine inhibitor.
要素Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / PLK1 Inhibitor / Kinase / Structure-based drug design / Antitumor activity / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Golgi inheritance / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / mitotic nuclear membrane disassembly / polo kinase / protein localization to nuclear envelope ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Golgi inheritance / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / mitotic nuclear membrane disassembly / polo kinase / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 / nuclear membrane disassembly / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / outer kinetochore / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / microtubule bundle formation / mitotic chromosome condensation / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic spindle assembly / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / centrosome cycle / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / sister chromatid cohesion / regulation of mitotic cell cycle phase transition / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic spindle pole / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of proteolysis / mitotic cytokinesis / mitotic sister chromatid segregation / spindle midzone / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / protein localization to chromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / AURKA Activation by TPX2 / regulation of cytokinesis / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / establishment of protein localization / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / protein destabilization / kinetochore / positive regulation of protein localization to nucleus / centriolar satellite / spindle / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / mitotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-79D / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Skene, R.J. / Hosfield, D.J.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure-based design and SAR development of 5,6-dihydroimidazolo[1,5-f]pteridine derivatives as novel Polo-like kinase-1 inhibitors.
著者: Kiryanov, A. / Natala, S. / Jones, B. / McBride, C. / Feher, V. / Lam, B. / Liu, Y. / Honda, K. / Uchiyama, N. / Kawamoto, T. / Hikichi, Y. / Zhang, L. / Hosfield, D. / Skene, R. / Zou, H. / ...著者: Kiryanov, A. / Natala, S. / Jones, B. / McBride, C. / Feher, V. / Lam, B. / Liu, Y. / Honda, K. / Uchiyama, N. / Kawamoto, T. / Hikichi, Y. / Zhang, L. / Hosfield, D. / Skene, R. / Zou, H. / Stafford, J. / Cao, X. / Ichikawa, T.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2043
ポリマ－40,5831
非ポリマー6212
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.303, 66.303, 153.115
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 40582.906 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1, PLK / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: 化合物 ChemComp-79D / 4-{[(6R)-7-cyano-5-cyclopentyl-6-ethyl-5,6-dihydroimidazo[1,5-f]pteridin-3-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide


分子量: 555.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H37N9O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.95 mM succinic acid, 1.7% PEG2000 MME, 0.4 mM zinc acetate, 100 mM HEPES, pH 7.0, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13099 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.006 / Net I/av σ(I): 17.844 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 51213
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.5630.19157.4
2.56-2.623.10.188163.8
2.62-2.693.10.192179.5
2.69-2.773.30.156189.5
2.77-2.863.50.177198.6
2.86-2.964.10.162199.3
2.96-3.084.20.134199.9
3.08-3.224.30.1171100
3.22-3.394.30.0831100
3.39-3.614.30.0721100
3.61-3.884.30.0641100
3.88-4.274.10.0571100
4.27-4.894.10.0541100
4.89-6.1640.048199.9
6.16-503.90.032199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0025精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.5→45.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 17.932 / SU ML: 0.213 / SU R Cruickshank DPI: 0.4918 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.306
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 647 5 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.1827 12415 92.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.96 Å2 / Biso mean: 52.34 Å2 / Biso min: 24.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→45.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2379 0 42 108 2529
Biso mean--42.44 46.61 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192485
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.22423357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69735573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8625293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69322.455110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.31615451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1271523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02565
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 24 -
Rwork0.23 564 -
all-588 -
obs--57.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2018-0.43260.62741.2867-1.42654.00930.0645-0.0802-0.0960.0053-0.2826-0.19580.27671.04490.21810.1280.0496-0.01970.31510.06410.139513.13538.07117.628
21.4465-0.10850.72421.40840.36564.32560.0004-0.05220.1344-0.1799-0.04940.146-0.1786-0.42170.04890.0827-0.0053-0.03170.05290.00810.091-6.96649.7245.465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 90
2X-RAY DIFFRACTION1A91 - 137
3X-RAY DIFFRACTION2A138 - 190
4X-RAY DIFFRACTION2A191 - 240
5X-RAY DIFFRACTION2A241 - 291
6X-RAY DIFFRACTION2A292 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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