PDB-6oag: Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oag

タイトル

Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inhibitor YF-02-82

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Park, J. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Chirality-Driven Mode of Binding of alpha-Aminophosphonic Acid-Based Allosteric Inhibitors of the Human Farnesyl Pyrophosphate Synthase (hFPPS).
著者: Feng, Y. / Park, J. / Li, S.G. / Boutin, R. / Viereck, P. / Schilling, M.A. / Berghuis, A.M. / Tsantrizos, Y.S.

履歴

登録	2019年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oag.cif.gz	161.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oag.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n7yC 6n7zC 6n82C 6n83C 6oahC 4xqrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dgs-1 3n1v-1 3n5j-1 5dgn-1 4lph-1 3n1w-1 4xqs-1 5djr-1 5ksx-1 6n7z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
88.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.350, 111.350, 76.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-511- HOH
2	1	F-572- HOH

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-M2Y / [(1S)-1-{[6-(3-chloro-4-methylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}-2-phenylethyl]phosphonic acid 分子量: 459.886 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉ClN₃O₃PS
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.075 M HEPES, 0.6 M potassium phosphate, 0.6 M sodium phosphate, 25% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→76.86 Å / Num. obs: 21951 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 55.395 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.631 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1069 / CC_1/2: 0.797 / R_pim(I) all: 0.496 / R_rim(I) all: 1.707 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4XQR

4xqr

解像度: 2.3→55.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 25.224 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24145	1047	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1934	-	-	-
obs	0.19569	20856	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.074 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→55.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2700	0	65	98	2863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.017	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.672	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.422	1.59	5914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.8	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.838	23.129	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.492	15	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.8	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.251	4.937	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.251	4.936	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.473	7.407	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.472	7.407	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.621	5.511	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.607	5.499	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.18	8.17	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.009	61.376	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.933	61.056	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	64	-
R_work	0.376	1495	-
obs	-	-	97.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7286	1.1918	-2.4889	7.2428	1.162	10.3963	-0.4759	1.5005	-0.1282	-0.9297	0.5497	0.7066	0.693	-1.537	-0.0739	0.2918	-0.1406	-0.2496	0.4869	-0.103	0.5893	3.1554	82.9258	8.826
2	7.1447	-0.0522	-5.4954	4.0043	0.6113	5.4225	-0.2442	0.7242	-0.4154	-0.6516	0.1525	0.5112	0.3009	-0.7371	0.0917	0.1535	-0.0882	-0.1278	0.1573	-0.0131	0.2558	7.4939	82.3832	13.4444
3	5.1012	-0.306	-1.6289	3.3746	-0.4554	2.6796	-0.0694	0.0401	-0.1919	-0.2795	0.0934	0.4132	0.1738	-0.3408	-0.024	0.0302	-0.0246	-0.0317	0.0504	0.0063	0.2279	11.7624	86.5262	18.8642
4	6.1348	-2.022	0.9333	6.1514	-4.0019	5.6434	0.1411	-0.5727	-0.5226	0.2177	-0.3893	-0.2691	0.3877	0.846	0.2482	0.1265	0.0226	0.0149	0.3782	0.0824	0.3814	12.3728	78.7261	37.233
5	3.977	3.3233	-0.8921	2.8562	-0.7097	0.2202	-0.057	0.0892	-0.1129	0.1508	0.1095	-0.1994	0.0922	0.0206	-0.0525	0.5675	0.1773	-0.0769	0.6612	0.1194	0.6229	27.8885	62.6365	40.4725
6	5.7159	-4.0097	2.7997	6.6687	-4.388	3.6448	0.3112	-0.6196	-0.6887	0.1369	-0.0243	0.5499	0.4158	0.0836	-0.2869	0.3686	-0.0036	0.0641	0.3082	0.1222	0.5371	1.8315	75.2466	41.1216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	F	8 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	37 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	72 - 178
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	179 - 283
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	284 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	301 - 350

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