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- PDB-2bv8: The crystal structure of Phycocyanin from Gracilaria chilensis. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bv8
タイトルThe crystal structure of Phycocyanin from Gracilaria chilensis.
要素
  • C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
  • C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LIGHT HARVESTING / PHYCOBILISOME / PHYCOBILIPROTEIN / PHYCOCYANIN / PHYCOCYANOBILIN / CHLOROPLAST
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / PHYCOERYTHROBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種GRACILARIA CHILENSIS (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Contreras-Martel, C. / Martinez-Oyanedel, J. / Poo-Caama, G. / Bruna, C. / Bunster, M.
引用ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Structure at 2 A Resolution of Phycocyanin from Gracilaria Chilensis and the Energy Transfer Network in a Pc-Pc Complex.
著者: Contreras-Martel, C. / Matamala, A. / Bruna, C. / Poo-Caama, G. / Almonacid, D. / Figueroa, M. / Martinez-Oyanedel, J. / Bunster, M.
履歴
登録2005年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
B: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
C: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
D: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
E: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
F: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
K: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
L: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
M: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
N: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
O: C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT
P: C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,28730
ポリマ－214,69112
非ポリマー10,59618
水18,1591008
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60280 Å2
ΔGint-477.65 kcal/mol
Surface area65320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.985, 151.803, 101.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
C-PHYCOCYANIN ALPHA SUBUNIT


分子量: 17590.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COLLECTED AT THE PACIFIC COAST, COLIUMO BAY, CHILE / 由来: (天然) GRACILARIA CHILENSIS (真核生物) / 参照: UniProt: Q6B8L6
#2: タンパク質
C-PHYCOCYANIN BETA SUBUNIT


分子量: 18191.236 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COLLECTED AT THE PACIFIC COAST, COLIUMO BAY, CHILE / 由来: (天然) GRACILARIA CHILENSIS (真核生物) / 参照: UniProt: Q6B8L7
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1008 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF C-PHYCOCYANIN FROM GRACILARIA CHILENSIS IS NOT DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASES. ...THE SEQUENCE OF C-PHYCOCYANIN FROM GRACILARIA CHILENSIS IS NOT DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASES. THE SEQUENCE IN THIS ENTRY WAS DETERMINED BY INSPECTION OF ELECTRON DENSITY MAPS. THE DBREF RECORDS SHOW THE MAPPING OF THE DETERMINED SEQUENCE AGAINST THE CLOSEST MATCHES IN UNIPROT, ENTRIES Q6B8L6_GRATL AND Q6B8L7_GRATL (C-PHYCOCYANIN ALHA- AND BETA-SUBUNITS FROM GRACILARIA TENUISTIPITATA VAR. LIUI). THE CONFLICTS IN SEQADV SHOW THE DIFFERENCES BETWEEN THE TWO SEQUENCES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, 18 MG/ML PROTEIN CONC., 1 M AM. SULPHATE, 50 MM PHOSPHATE PH7, PH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60 Å / Num. obs: 172985 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.87
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5.78 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GH0

1gh0


解像度: 2.01→52.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3371099.93 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 7100 4 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.1994 178325 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.3788 Å2 / ksol: 0.377157 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.77 Å20 Å2-3.45 Å2
2---2.52 Å20 Å2
3----0.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→52.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15030 0 774 1008 16812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.265 26667 -
obs--87 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2LIG_1.PAR.PARLIG.TOP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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