PDB-2blu: Thaumatin After A High Dose X-Ray "Burn"

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2blu

タイトル

Thaumatin After A High Dose X-Ray "Burn"

要素

THAUMATIN I

ソーマチン

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

RADIATION DAMAGE /

SYNCHROTRON (シンクロトロン) /

PHASING (フェイザー (音響機器)) / RIP / TASTE-MODIFYING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Nanao, M.H. / Ravelli, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Improving Radiation-Damage Substructures for Rip.
著者: Nanao, M.H. / Sheldrick, G.M. / Ravelli, R.B.

履歴

登録	2005年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2blu.cif.gz	99.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2blu.ent.gz	81.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2blu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2blu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2blu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bloC 2blpC 2blqC 2blrC 2blvC 2blwC 2blxC 2blyC 2blzC 2bn1C 2bn3C 1lr2 1lr3 1lxz 1ly0 1pp3 1rqw 1thi 1thu 1thv 1thw 6coa C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6srj-d 4el7-d 3al7-d 6g89-d 5ln0-d 3qy5-d 6sro-d 3v82-d 5lh3-d 5mjg-d 5lh6-d 5gqp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: THAUMATIN I

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.780, 57.780, 150.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	THAUMATIN I / ソーマチン分子量: 22155.980 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-206 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	TASTE-MODIFYING PROTEIN; INTENSELY SWEET-TASTING. IT IS 100000 TIMES SWEETER THAN SUCROSE ON A MOLAR BASIS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	詳細: 0.9 M SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 0.1 M HEPES, PH 7.3, 15 % GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9392
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日 / 詳細: BENT MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9392 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 93941 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.38
反射シェル	解像度: 1.4→1.49 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHELXE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.4→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.264 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.155	2538	5.1 %	RANDOM
R_work	0.125	-	-	-
obs	0.127	47378	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1546	0	10	276	1832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.957	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.827	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.349	23.429	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.909	15	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.524	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.13	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.937	1.5	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.79	1.5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.379	2	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.503	3	717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.395	4.5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.689	3	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	10.816	3	276
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.703	3	3027

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.48 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	370	-
R_work	0.151	6647	-
obs	-	-	96.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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