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万見
- PDB-2bd8: Porcine pancreatic elastase complexed with beta-casomorphin-7 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bd8
タイトルPorcine pancreatic elastase complexed with beta-casomorphin-7 and Arg-Phe at pH 5.0 (50 min soak) and immersed in pH 9 buffer for 30 seconds
要素
  • Chymotrypsin-like elastase family member 1
  • beta-casomorphin-7
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural analyses on intermediates in serine protease catalysis
著者: Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of a specific acyl-enzyme complex formed between beta-casomorphin-7 and porcine pancreatic elastase
著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: X-ray snapshots of serine protease catalysis reveal a tetrahedral intermediate
著者: Wilmouth, R.C. / Edman, K. / Neutze, R. / Wright, P.A. / Clifton, I.J. / Schneider, T.R. / Schofield, C.J. / Hajdu, J.
履歴
登録2005年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32012年1月18日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年9月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: beta-casomorphin-7
A: Chymotrypsin-like elastase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2334
ポリマ－27,0962
非ポリマー1362
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.544, 57.781, 74.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド beta-casomorphin-7


分子量: 1168.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細OG SER A 195, C ILE P 7 AND N ARG P 1001 ARE COVALENTLY LINKED WITH C ILE P 7 HAVING TETRAHEDRAL GEOMETRY.
配列の詳細THIS CONFLICT IS BASED ON THE REFERENCE 3 IN SEQUENCE DATABASE, P00772 IN SWISS-PROT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 17.5 MG/ML BCM7, AND THEN SOAKED WITH ARG-PHE (2 MG) IN 250MM SODIUM ACETATE (PH 5.0) (5 MICROLITRES) FOR 50 MIN, VAPOR ...詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 17.5 MG/ML BCM7, AND THEN SOAKED WITH ARG-PHE (2 MG) IN 250MM SODIUM ACETATE (PH 5.0) (5 MICROLITRES) FOR 50 MIN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 127 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月2日 / 詳細: OSMIC mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.7 Å / Num. obs: 24742 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 3539 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EST

3est


解像度: 1.7→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.123 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The PPE:BCM7:ARG-PHE PH 5 (50 min soak) crystal (from which PDB file 2BD7 was collected) was warmed to room temperature, immersed in 250 mm ches PH 9, 25% (v/v) glycerol for 30s and refrozen.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1256 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.176 24742 --
obs0.176 24695 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.69 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 13 127 1950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0211867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.9192556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9485240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45224.23178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65615266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.509159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.63421215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.50331921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9224760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9076635
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 72 -
Rwork0.179 1725 -
all-1797 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.224 Å / Origin y: 28.209 Å / Origin z: 43.005 Å
111213212223313233
T-0.1874 Å20.0013 Å2-0.0085 Å2--0.1432 Å2-0.0128 Å2--0.0043 Å2
L1.261 °20.0741 °2-0.178 °2-0.9641 °2-0.0357 °2--1.7057 °2
S-0.0211 Å °-0.0031 Å °0.0169 Å °-0.0023 Å °-0.0153 Å °-0.0103 Å °0.055 Å °-0.019 Å °0.0365 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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