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- PDB-1ywi: Structure of the FBP11WW1 domain complexed to the peptide APPTPPPLPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ywi
タイトルStructure of the FBP11WW1 domain complexed to the peptide APPTPPPLPP
要素
  • Formin
  • Formin-binding protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / WW domain / Class II / Proline-rich peptides / protein-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cytoskeleton organization / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of cytokinesis / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / cell migration / regulation of cell shape ...mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cytoskeleton organization / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of cytokinesis / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / cell migration / regulation of cell shape / nuclear speck / cell cycle / cell division / RNA binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. ...Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Automated assignment of NOEs, simulated anneling with torsion angle dinamics
データ登録者Pires, J.R. / Parthier, C. / Aido-Machado, R. / Wiedemann, U. / Otte, L. / Boehm, G. / Rudolph, R. / Oschkinat, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for APPTPPPLPP peptide recognition by the FBP11WW1 domain.
著者: Pires, J.R. / Parthier, C. / Aido-Machado, R. / Wiedemann, U. / Otte, L. / Bohm, G. / Rudolph, R. / Oschkinat, H.
履歴
登録2005年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formin-binding protein 3
B: Formin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7302
ポリマ－5,7302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Formin-binding protein 3 / Formin binding protein 11


分子量: 4747.092 Da / 分子数: 1 / 断片: WW1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-2TK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O75400
#2: タンパク質・ペプチド Formin


分子量: 983.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: automated solid phase synthesis on chlortrityl resin using FMOC strategy

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111Triple-resonance
1223D 13C-separated NOESY
1333D 15N-separated NOESY
1442D NOESY
1542D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.8mM [U-15N,13C] FBP11WW1, 3.6mM APPTPPPLPP, 10mM phosphate buffer, 100mM Nacl, 0.1mM DTT, 0.1mM EDTA90% H2O/10% D2O
21.8mM [U-15N,13C] FBP11WW1, 3.6mM APPTPPPLPP, 10mM phosphate buffer, 100mM Nacl, 0.1mM DTT, 0.1mM EDTA100% D2O
31.8mM [U-15N] FBP11WW1, 3.6mM APPTPPPLPP, 10mM phosphate buffer, 100mM Nacl, 0.1mM DTT, 0.1mM EDTA90% H2O/10% D2O
41.8mM FBP11WW1, 3.6mM APPTPPPLPP, 10mM phosphate buffer, 100mM Nacl, 0.1mM DTT, 0.1mM EDTA90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1精密化
XwinNMR3.2Bruker AGcollection
XwinNMR3.2Bruker AG解析
Sparky3.1Goddard, T.D., Keneller, D.G., University of California San Franciscoデータ解析
精密化手法: Automated assignment of NOEs, simulated anneling with torsion angle dinamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was also refined with ARIA ver.1.2, authors: Linge, J.P., O'Dongue, S.I., Nilges, M.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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