PDB-1xsw: The solid-state NMR structure of Kaliotoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xsw

タイトル

The solid-state NMR structure of Kaliotoxin

要素

Kaliotoxin 1

キーワード

TOXIN

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 3.1

機能・相同性情報

生物種

Androctonus mauretanicus mauretanicus (サソリ)

手法

個体NMR

データ登録者

Lange, A. / Becker, S. / Seidel, K. / Giller, K. / Pongs, O. / Baldus, M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2005
タイトル: A Concept for Rapid Protein-Structure Determination by Solid-State NMR Spectroscopy
著者: Lange, A. / Becker, S. / Seidel, K. / Giller, K. / Pongs, O. / Baldus, M.

履歴

登録	2004年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xsw.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xsw.ent.gz	95.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xsw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xsw_validation.pdf.gz	337.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xsw_full_validation.pdf.gz	398.7 KB	表示
XML形式データ	1xsw_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	1xsw_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xsw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ktx
類似構造データ	2ktx-d 2e2s-d 6jic-d 1ywi-d 3lo2-1 1omb-d 1dsv-d 1roo-d 5wow-d 1psv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 635113C, 15N solid-state chemical shift assignments for Kaliotoxin

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kaliotoxin 1

4.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #2	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Kaliotoxin 1 / KTX 1 / Alpha-KTx 3.1 分子量: 4165.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Androctonus mauretanicus mauretanicus (サソリ) 生物種: Androctonus mauretanicus / 株: mauretanicus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24662
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 個体NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software	名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
代表構造	選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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