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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yoe | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase YbeK with bound ribose | |||||||||
![]() | Hypothetical protein ybeK | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Pyrimidine nucleoside hydrolase / bacterial nucleosidase / ribose / enzyme-product complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosylpyrimidine nucleosidase activity / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding ...ribosylpyrimidine nucleosidase activity / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Muzzolini, L. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase YbeK with bound ribose 著者: Muzzolini, L. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M. #1: ![]() タイトル: Crystal structure to 1.7 a of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy 著者: Giabbai, B. / Degano, M. #2: ![]() タイトル: Structure and function of a novel purine specific nucleoside hydrolase from Trypanosoma vivax 著者: Versees, W. / Decanniere, K. / Pelle, R. / Depoorter, J. / Brosens, E. / Parkin, D.W. / Steyaert, J. #3: ![]() タイトル: Trypanosomal nucleoside hydrolase. A novel mechanism from the structure with a transition-state inhibitor 著者: Degano, M. / Almo, S.C. / Sacchettini, J.C. / Schramm, V.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1q8fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35128.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-RIB / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: MPD, Sodium Acetate, ribose, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→25 Å / Num. all: 34056 / Num. obs: 34056 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2669 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 77.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: YeiK PDB code 1Q8F 解像度: 1.78→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.818 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.623 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.785→1.831 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -4.433 Å / Origin y: 20.7639 Å / Origin z: 36.7434 Å
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